[日本語] English
万見
- PDB-1vdd: Crystal structure of recombinational repair protein RecR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vdd
タイトルCrystal structure of recombinational repair protein RecR
要素Recombination protein recR
キーワードRECOMBINATION / Helix-hairpin-helix / zinc finger / toprim / Walker B ATP binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair / DNA recombination / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RecR Domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #80 / RecR, C-terminal / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger motif / RecR, helix-hairpin-helix ...RecR Domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #80 / RecR, C-terminal / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger motif / RecR, helix-hairpin-helix / RecR protein signature. / Toprim domain / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / TOPRIM / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Recombination protein RecR
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lee, B.I. / Kim, K.H. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Ring-shaped architecture of RecR: implications for its role in homologous recombinational DNA repair
著者: Lee, B.I. / Kim, K.H. / Park, S.J. / Eom, S.H. / Song, H.K. / Suh, S.W.
履歴
登録2004年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Recombination protein recR
B: Recombination protein recR
C: Recombination protein recR
D: Recombination protein recR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,90013
ポリマ－99,2934
非ポリマー6079
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20310 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area35110 Å2
手法PISA
2
A: Recombination protein recR
B: Recombination protein recR
C: Recombination protein recR
D: Recombination protein recR
ヘテロ分子

A: Recombination protein recR
B: Recombination protein recR
C: Recombination protein recR
D: Recombination protein recR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,80126
ポリマ－198,5878
非ポリマー1,21418
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area49370 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area61480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.218, 121.386, 154.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Recombination protein recR


分子量: 24823.334 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-199 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: recR / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZNA2
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 1000, calcium acetate, 1,3-butanediol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B
波長: 0.97182, 0.97936, 0.97950, 0.99999, 1.00812, 1.00883, 1.00921
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月20日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971821
20.979361
30.97951
40.999991
51.008121
61.008831
71.009211
反射解像度: 2.5→43.39 Å / Num. all: 34714 / Num. obs: 33796 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rsym value: 0.087
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique all: 4867 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
SMARTデータ削減
SAINTPLUSデータスケーリング
LSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→43.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 243556.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: There is no SSBOND between CYS C 69 and CYS C 72. These residues are part of four zing fingers.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 3120 10 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 31306 89.5 %-
all-34978 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.2584 Å2 / ksol: 0.34991 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.6 Å20 Å20 Å2
2---2.64 Å20 Å2
3----9.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6032 0 29 65 6126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 525 10.2 %
Rwork0.296 4603 -
obs--89.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ZN.PARAMZN.TOP
X-RAY DIFFRACTION4IMD.PARAMIMD.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る