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万見
- PDB-1vcc: AMINO TERMINAL 9KDA DOMAIN OF VACCINIA VIRUS DNA TOPOISOMERASE I ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vcc
タイトルAMINO TERMINAL 9KDA DOMAIN OF VACCINIA VIRUS DNA TOPOISOMERASE I RESIDUES 1-77, EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES 1-77
要素DNA TOPOISOMERASE I
キーワードDNA BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / virion component / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase I, N-terminal, viral / Viral DNA topoisomerase I, N-terminal / Viral Topoisomerase I / DNA topoisomerase I domain / DNA topoisomerase I, N-terminal / DNA topoisomerase I, active site / Topoisomerase (Topo) IB-type active site signature. / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha-helical subdomain, eukaryotic-type ...DNA topoisomerase I, N-terminal, viral / Viral DNA topoisomerase I, N-terminal / Viral Topoisomerase I / DNA topoisomerase I domain / DNA topoisomerase I, N-terminal / DNA topoisomerase I, active site / Topoisomerase (Topo) IB-type active site signature. / DNA topoisomerase I / DNA topoisomerase I, catalytic core, eukaryotic-type / DNA topoisomerase I, catalytic core, alpha-helical subdomain, eukaryotic-type / Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core / Topoisomerase (Topo) IB-type catalytic domain profile. / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sharma, A. / Hanai, R. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of the amino-terminal fragment of vaccinia virus DNA topoisomerase I at 1.6 A resolution.
著者: Sharma, A. / Hanai, R. / Mondragon, A.
履歴
登録1995年10月2日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA TOPOISOMERASE I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0661
ポリマ－9,0661
非ポリマー00
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.460, 42.510, 60.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA TOPOISOMERASE I


分子量: 9066.254 Da / 分子数: 1 / 断片: AMINO TERMINAL 9KDA, RESIDUES 1 - 77 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DOMAIN GENERATED BY MILD PROTEOLYSIS OF THE INTACT 36KDA VACCINIA VIRUS DNA TOPOISOMERASE I, A MEMBER OF THE EUKARYOTIC-LIKE TYPE I DNA TOPOISOMERASES
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 株: WR / 解説: ACTIVE FORM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68698, EC: 5.99.1.2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMTris-HCl1reservoir
20.2 Msodium acetate1reservoir
330 %PEG33001reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.59 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 9781 / Num. measured all: 47905 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
Num. unique obs: 799 / Num. measured obs: 3643 / Rmerge(I) obs: 0.205

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.6→5 Å / Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.218 / Rfactor obs: 0.218 / σ(F): 2
詳細: THE ELECTRON DENSITY USING EXPERIMENTAL PHASES WAS UNAMBIGUOUS THROUGHOUT RESIDUES 1 - 77; THE MODEL WAS REFINED AGAINST DATA COLLECTED AT ROOM TEMPERATURE (5 - 1.9 ANGSTROMS), AND ...詳細: THE ELECTRON DENSITY USING EXPERIMENTAL PHASES WAS UNAMBIGUOUS THROUGHOUT RESIDUES 1 - 77; THE MODEL WAS REFINED AGAINST DATA COLLECTED AT ROOM TEMPERATURE (5 - 1.9 ANGSTROMS), AND SUBSEQUENTLY AGAINST CRYO-COOLED DATA COLLECTED AT THE SYNCHROTRON SOURCE IN PHOTON FACTORY, TSUKUBA, JAPAN IN THE RESOLUTION RANGE OF 5 - 1.6 ANGSTROMS.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数640 0 0 62 702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.51
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 13.73 Å2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor obs: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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