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- PDB-1vcb: THE VHL-ELONGINC-ELONGINB STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vcb
タイトルTHE VHL-ELONGINC-ELONGINB STRUCTURE
要素
  • PROTEIN (ELONGIN B)
  • PROTEIN (ELONGIN C)
  • PROTEIN (VHL)
キーワードTRANSCRIPTION / TUMOR SUPPRESSOR / CANCER / UBIQUITIN / BETA SANDWICH / TRANSCRIPTIONAL ELONGATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Stebbins, C.E. / Kaelin, W.G. / Pavletich, N.P.
引用ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Structure of the VHL-ElonginC-ElonginB complex: implications for VHL tumor suppressor function.
著者: Stebbins, C.E. / Kaelin Jr., W.G. / Pavletich, N.P.
履歴
登録1999年3月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ELONGIN B)
B: PROTEIN (ELONGIN C)
C: PROTEIN (VHL)
D: PROTEIN (ELONGIN B)
E: PROTEIN (ELONGIN C)
F: PROTEIN (VHL)
G: PROTEIN (ELONGIN B)
H: PROTEIN (ELONGIN C)
I: PROTEIN (VHL)
J: PROTEIN (ELONGIN B)
K: PROTEIN (ELONGIN C)
L: PROTEIN (VHL)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,76412
ポリマ－176,76412
非ポリマー00
水8,179454
1
A: PROTEIN (ELONGIN B)
B: PROTEIN (ELONGIN C)
C: PROTEIN (VHL)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1913
ポリマ－44,1913
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16240 Å2
手法PISA
2
D: PROTEIN (ELONGIN B)
E: PROTEIN (ELONGIN C)
F: PROTEIN (VHL)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1913
ポリマ－44,1913
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16250 Å2
手法PISA
3
G: PROTEIN (ELONGIN B)
H: PROTEIN (ELONGIN C)
I: PROTEIN (VHL)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1913
ポリマ－44,1913
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
4
J: PROTEIN (ELONGIN B)
K: PROTEIN (ELONGIN C)
L: PROTEIN (VHL)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1913
ポリマ－44,1913
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.500, 93.500, 362.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999322, 0.034116, -0.013802), (-0.034228, 0.999382, -0.007982), (0.013521, 0.008449, 0.999873)5.3001, -49.0671, 1.03758
2given(0.998645, -0.049028, 0.017463), (0.050565, 0.993452, -0.102454), (-0.012326, 0.103198, 0.994584)-44.69755, -53.85593, 6.1099
3given(0.998765, -0.033083, 0.037069), (0.03541, 0.997322, -0.063992), (-0.034853, 0.065225, 0.997262)-46.61111, -5.28696, 2.91031
4given(0.999712, 0.022652, -0.00796), (-0.022692, 0.99973, -0.004917), (0.007846, 0.005096, 0.999956)5.04411, -48.33294, 0.57616
5given(0.998394, -0.047997, 0.03009), (0.051053, 0.99254, -0.110717), (-0.024551, 0.112075, 0.993396)-43.96524, -54.35083, 6.0178
6given(0.998598, -0.034531, 0.040121), (0.037698, 0.995995, -0.081065), (-0.037161, 0.082464, 0.995901)-46.63693, -5.97568, 3.85965
7given(0.999822, 0.018842, -0.000988), (-0.018852, 0.99976, -0.011177), (0.000777, 0.011193, 0.999937)5.37235, -48.58498, 0.58597
8given(0.998509, -0.035688, 0.041301), (0.039942, 0.993431, -0.107238), (-0.037202, 0.108728, 0.993375)-42.25394, -54.74003, 5.242
9given(0.998204, -0.037722, 0.046545), (0.0412, 0.996244, -0.076165), (-0.043497, 0.077946, 0.996008)-46.24837, -5.45145, 3.24
10given(0.999691, -0.02473, -0.002306), (0.024673, 0.999457, -0.02181), (0.002844, 0.021746, 0.999759)2.89823, -48.05087, 1.2437
11given(0.99689, -0.072567, 0.03073), (0.07383, 0.996378, -0.042194), (-0.027557, 0.044331, 0.998637)-44.70386, -48.80565, 1.61886
12given(0.997681, -0.058134, 0.035393), (0.059381, 0.997612, -0.035262), (-0.033258, 0.037282, 0.998751)-47.95584, -1.75798, 1.20432

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (ELONGIN B)


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISORDERED RESIDUES: 99-120 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): VHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
PROTEIN (ELONGIN C)


分子量: 12485.135 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISORDERED RESIDUES: 50-57 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PBB75 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): VHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
PROTEIN (VHL)


分子量: 18558.162 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 54-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISORDERED RESIDUES: 54-62, 205-213 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: VHL(54-213) ALTERNATIVE ENDOGENOUS POLYPEPTIDE / プラスミド: PGEX-4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): VHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 5.7
詳細: 10-15% PEG 2000, 200MM MAGNESIUM ACETATE, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.7
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112-17 %PEG80001reservoiror 10-15% PEG2000
20.2 Mmagnesium acetate1reservoir
35 mMdithiothreitol1reservoir
40.1 Msodium cacodylate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 41219 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 7
反射
*PLUS
Num. measured all: 123622 / Rmerge(I) obs: 0.07

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
RAVEモデル構築
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.7→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1965 5 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs-38609 84.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10408 0 0 454 10862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS (500KCAL MOL^-1 ANGSTROM^-2)
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.239
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 54.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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