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万見
- PDB-1vc4: Crystal Structure of Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase (TrpC) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vc4
タイトルCrystal Structure of Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase (TrpC) from Thermus Thermophilus At 1.8 A Resolution
要素Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase
キーワードLYASE / Tryptophan Biosynthesis / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-glycerol-phosphate synthase / indole-3-glycerol-phosphate synthase activity / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / L-tryptophan biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Indole-3-glycerol phosphate synthase domain / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Indole-3-glycerol phosphate synthase / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / indole-3-glycerol-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bagautdinov, B. / Tahirov, T.H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structure of indole-3-glycerol phosphate synthase from Thermus thermophilus HB8: implications for thermal stability.
著者: Bagautdinov, B. / Yutani, K.
履歴
登録2004年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年10月29日Group: Database references
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase
B: Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,26218
ポリマ－54,9092
非ポリマー1,35316
水12,304683
1
A: Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0558
ポリマ－27,4551
非ポリマー6007
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,20710
ポリマ－27,4551
非ポリマー7539
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase
ヘテロ分子

A: Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,26218
ポリマ－54,9092
非ポリマー1,35316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-x,y-1/2,-z-1/21
Buried area2740 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
4
A: Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase
ヘテロ分子

B: Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,26218
ポリマ－54,9092
非ポリマー1,35316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
Buried area3170 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.652, 78.193, 91.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Indole-3-Glycerol Phosphate Synthase


分子量: 27454.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: TrpC / プラスミド: PET-11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P84126, indole-3-glycerol-phosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: Ammonium Sulfate 1.93M, Acet. 0.68, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.56 Å / Num. all: 43028 / Num. obs: 42011 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.23 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.33 / Num. unique all: 5290 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LBF

1lbf


解像度: 1.8→33.56 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2107 -RANDOM
Rwork0.186 ---
all-43028 --
obs-42011 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8 Å20 Å20 Å2
2---2.59 Å20 Å2
3---6.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3864 0 76 683 4623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.880.3122450.2750.02489492.5
1.88-1.980.2472740.2080.015510996.3
1.98-2.110.2382810.1890.014520897.6
2.11-2.270.2272610.1890.014523598.2
2.27-2.50.2362570.1790.015528699
2.5-2.860.2262630.1820.014535199.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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