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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v9c | ||||||
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タイトル | Crystal Analysis of Precorrin-8x Methyl Mutase from Thermus Thermophilus | ||||||
要素 | Precorrin-8x Methyl Mutase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / ALPHA-BETA WIND / DOUBLY WOUND SHEET / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 precorrin-8X methylmutase / precorrin-8X methylmutase activity / cobalamin biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Inagaki, E. / Tahirov, T.H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Analysis of Precorrin-8x Methyl Mutase from Thermus Thermophilus 著者: Inagaki, E. / Tahirov, T.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v9c.cif.gz | 91.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v9c.ent.gz | 69.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v9c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1v9c_validation.pdf.gz | 448.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1v9c_full_validation.pdf.gz | 457.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1v9c_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1v9c_validation.cif.gz | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/1v9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/1v9c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1f2vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23243.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) プラスミド: pET 11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83848, precorrin-8X methylmutase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: Lithium sulfate, Sodium citrate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月22日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 19430 / Num. obs: 19430 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1933 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1F2V 解像度: 2.2→46.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 861416.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.1297 Å2 / ksol: 0.3698 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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