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万見
- PDB-1v7n: Human Thrombopoietin Functional Domain Complexed To Neutralizing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1v7n
タイトルHuman Thrombopoietin Functional Domain Complexed To Neutralizing Antibody TN1 Fab
要素
  • Monoclonal TN1 Fab Heavy Chain
  • Monoclonal TN1 Fab Light Chain
  • Thrombopoietin
キーワードIMMUNE SYSTEM/CYTOKINE / Thrombopoietin / Fab fragment / Complex (Cytokine-Antibody) / IMMUNE SYSTEM-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / megakaryocyte differentiation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / thrombopoietin-mediated signaling pathway / cell surface receptor signaling pathway via STAT / megakaryocyte development / Platelet Aggregation (Plug Formation) / cytokine activity / growth factor activity / hormone activity ...positive regulation of hematopoietic stem cell proliferation / megakaryocyte differentiation / positive regulation of megakaryocyte differentiation / thrombopoietin-mediated signaling pathway / cell surface receptor signaling pathway via STAT / megakaryocyte development / Platelet Aggregation (Plug Formation) / cytokine activity / growth factor activity / hormone activity / positive regulation of protein phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoeitin, conserved site / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin / thrombopoeitin signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle ...Thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin/thrombopoeitin, conserved site / Erythropoietin/thrombopoietin / Erythropoietin / thrombopoeitin signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Feese, M.D. / Tamada, T. / Kato, Y. / Maeda, Y. / Hirose, M. / Matsukura, Y. / Shigematsu, H. / Kato, T. / Miyazaki, H. / Kuroki, R.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structure of the receptor-binding domain of human thrombopoietin determined by complexation with a neutralizing antibody fragment
著者: Feese, M.D. / Tamada, T. / Kato, Y. / Maeda, Y. / Hirose, M. / Matsukura, Y. / Shigematsu, H. / Muto, T. / Matsumoto, A. / Watarai, H. / Ogami, K. / Tahara, T. / Kato, T. / Miyazaki, H. / Kuroki, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization of the Functional Domain of Human Thrombopoietin Using an Antigen-Binding Fragment Derived from Neutralizing Monoclonal Antibody
著者: Kuroki, R. / Hirose, M. / Kato, Y. / Feese, M.D. / Tamada, T. / Shigematsu, H. / Watarai, H. / Maeda, Y. / Tahara, T. / Kato, T. / Miyazaki, H.
履歴
登録2003年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Monoclonal TN1 Fab Light Chain
H: Monoclonal TN1 Fab Heavy Chain
M: Monoclonal TN1 Fab Light Chain
I: Monoclonal TN1 Fab Heavy Chain
N: Monoclonal TN1 Fab Light Chain
J: Monoclonal TN1 Fab Heavy Chain
O: Monoclonal TN1 Fab Light Chain
K: Monoclonal TN1 Fab Heavy Chain
V: Thrombopoietin
X: Thrombopoietin
Y: Thrombopoietin
Z: Thrombopoietin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,85012
ポリマ－256,85012
非ポリマー00
水3,045169
1
L: Monoclonal TN1 Fab Light Chain
H: Monoclonal TN1 Fab Heavy Chain
V: Thrombopoietin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2133
ポリマ－64,2133
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
M: Monoclonal TN1 Fab Light Chain
I: Monoclonal TN1 Fab Heavy Chain
X: Thrombopoietin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2133
ポリマ－64,2133
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
N: Monoclonal TN1 Fab Light Chain
J: Monoclonal TN1 Fab Heavy Chain
Y: Thrombopoietin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2133
ポリマ－64,2133
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
O: Monoclonal TN1 Fab Light Chain
K: Monoclonal TN1 Fab Heavy Chain
Z: Thrombopoietin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2133
ポリマ－64,2133
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.038, 46.582, 191.359
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
Monoclonal TN1 Fab Light Chain


分子量: 23362.854 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab Light Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体
Monoclonal TN1 Fab Heavy Chain


分子量: 23364.170 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab Heavy Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質
Thrombopoietin / Megakaryocyte colony stimulating factor / Myeloproliferative leukemia virus oncogene ligand / C-mpl ...Megakaryocyte colony stimulating factor / Myeloproliferative leukemia virus oncogene ligand / C-mpl ligand / ML / Megakaryocyte growth and development factor / MGDF


分子量: 17485.539 Da / 分子数: 4 / 断片: TPO Functional Domain / Mutation: Q115R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40225
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Kuroki, R., (2002) Acta Crystallogr.,Sect.D, 58, 856.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118-20 mg/mlprotein1drop
220 mMimidazole1droppH7.0
319-21 %(w/v)PEG33501reservoir
4100 mMpotassium phosphate1reservoirpH6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年12月1日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→60 Å / Num. obs: 35598 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 3468 / Rsym value: 0.214 / % possible all: 97
反射
*PLUS
Num. measured all: 74809 / Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.214

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IAI

1iai


解像度: 3.3→57.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.77 / SU B: 34.656 / SU ML: 0.581 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.737 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30477 1801 5 %RANDOM
Rwork0.16708 ---
obs0.17405 34015 98.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.767 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.72 Å20 Å2-0.33 Å2
2--2.25 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→57.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17297 0 0 169 17466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.02117722
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7681.95424136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.13352266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1730.22752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3370.210891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2690.21057
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3290.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.340.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0291.511334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.934218321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82736388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7774.55815
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.378 125
Rwork0.183 2479
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.374 / Rfactor Rwork: 0.181

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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