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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v2o | ||||||
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タイトル | Trypsin inhibitor in complex with bovine trypsin variant X(SSYI)bT.B4 | ||||||
![]() | Trypsin | ||||||
![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEASE / SERINE PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rauh, D. / Klebe, G. / Stubbs, M.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Understanding protein-ligand interactions: the price of protein flexibility 著者: Rauh, D. / Klebe, G. / Stubbs, M.T. #1: ![]() タイトル: ZZ made EZ: influence of inhibitor configuration on enzyme selectivity. 著者: Rauh, D. / Klebe, G. / Sturzebecher, J. / Stubbs, M.T. #2: ![]() タイトル: Trypsin mutants for structure-based drug design: expression, refolding and crystallisation. 著者: Rauh, D. / Reyda, S. / Klebe, G. / Stubbs, M.T. #3: ![]() タイトル: Reconstructing the Binding Site of Factor Xa in Trypsin Reveals Ligand-Induced Structural Plasticity. 著者: Reyda, S. / Sohn, C. / Klebe, G. / Rall, K. / Ullmann, D. / Jakubke, H.D. / Stubbs, M.T. #4: ![]() タイトル: pH-dependent binding modes observed in trypsin crystals: lessons for structure-based drug design. 著者: Stubbs, M.T. / Reyda, S. / Dullweber, F. / Moller, M. / Klebe, G. / Dorsch, D. / Mederski, W.W. / Wurziger, H. #5: ![]() タイトル: Structural and functional analyses of benzamidine-based inhibitors in complex with trypsin: implications for the inhibition of factor Xa, tPA, and urokinase. 著者: Renatus, M. / Bode, W. / Huber, R. / Sturzebecher, J. / Stubbs, M.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 766 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 768.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23329.307 Da / 分子数: 1 / 変異: Y172S, P173S, G174Y, Q175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-ANH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: ammonium sulphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月27日 / 詳細: NI FILTER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→100 Å / Num. obs: 28576 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→10 Å
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