PDB-1v1h: Adenovirus fibre shaft sequence N-terminally fused to the bacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v1h

タイトル

Adenovirus fibre shaft sequence N-terminally fused to the bacteriophage T4 fibritin foldon trimerisation motif with a short linker

要素

FIBRITIN, FIBER PROTEIN

キーワード

ADENOVIRUS / CHIMERA / FIBER PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion component / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

HUMAN ADENOVIRUS TYPE 2 (ヒトアデノウイルス)

BACTERIOPHAGE T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Papanikolopoulou, K. / Teixeira, S. / Belrhali, H. / Forsyth, V.T. / Mitraki, A. / van Raaij, M.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Adenovirus Fibre Shaft Sequences Fold Into the Native Triple Beta-Spiral Fold When N-Terminally Fused to the Bacteriophage T4 Fibritin Foldon Trimerisation Motif
著者: Papanikolopoulou, K. / Teixeira, S. / Belrhali, H. / Forsyth, V.T. / Mitraki, A. / van Raaij, M.J.

履歴

登録	2004年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2018年2月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb1v1h.ent.gz	108.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1v1h_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1v1h_full_validation.pdf.gz	483.6 KB	表示
XML形式データ	1v1h_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	1v1h_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1v1iC 1qiuS 1aa0 1avy 1ox3 1rfo S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hls-5 6q5n-d 5le6-5 5jk9-1 3qky-d 5le6-2 5le6-1 1asx-1 5le6-3 1mvf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (8) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (3) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (2)

登録構造単位

A: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

B: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

C: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

D: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

E: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

F: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

64.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

B: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

C: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

E: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

F: FIBRITIN, FIBER PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.770, 183.330, 58.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.29, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2019- HOH
2	1	B-2040- HOH
3	1	D-2022- HOH
4	1	E-2028- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.40476, -0.4564, -0.79238), (-0.223, 0.88964, -0.39851), (0.88681, 0.01541, -0.46187)	66.96565, 15.85284, -4.13093
2	given	(-0.41406, -0.45262, -0.78974), (-0.22617, 0.89156, -0.39239), (0.88171, 0.01615, -0.47152)	67.33018, 16.00517, -3.7847
3	given	(-0.91828, -0.06488, 0.39058), (0.2331, -0.88599, 0.40086), (0.32005, 0.45915, 0.82871)	45.43064, -16.26194, -28.03097
4	given	(-0.47791, 0.08491, 0.8743), (-0.36738, 0.88476, -0.28674), (-0.79789, -0.45824, -0.39165)	28.54939, 7.06268, 15.14585
5	given	(-0.48757, 0.08563, 0.86888), (-0.3617, 0.88595, -0.29028), (-0.79464, -0.4558, -0.40099)	28.79466, 6.84886, 15.01443
6	given	(0.72944, 0.45562, 0.51023), (0.36067, -0.88996, 0.27908), (0.58124, -0.01955, -0.8135)	22.7223, -6.82744, 8.05489
7	given	(-0.43042, -0.22665, 0.87371), (-0.4561, 0.88991, 0.00616), (-0.77892, -0.39585, -0.48641)	35.60816, 16.61239, 57.44727
8	given	(0.73979, 0.36417, 0.56576), (0.45712, -0.88904, -0.02548), (0.49371, 0.27747, -0.82417)	-18.90883, -16.25296, -2.23152
9	given	(0.73883, 0.35732, 0.57135), (0.45174, -0.89176, -0.02646), (0.50005, 0.27765, -0.82028)	-19.04541, -15.97488, -2.65665
10	given	(-0.49135, -0.36474, -0.79091), (0.0777, 0.88611, -0.45691), (0.86749, -0.28596, -0.40705)	28.62491, -1.58277, -16.97547
11	given	(-0.92714, 0.23133, 0.29478), (-0.07461, -0.8849, 0.45977), (0.36721, 0.40428, 0.83768)	54.54449, 1.64928, 12.4659
12	given	(-0.92041, 0.23773, 0.31036), (-0.07417, -0.88564, 0.45841), (0.38385, 0.39891, 0.83279)	54.49028, 1.52241, 12.2077
13	given	(0.12012, -0.00451, -0.99275), (-0.00864, -0.99996, 0.0035), (-0.99272, 0.00816, -0.12015)	34.11697, 0.35063, 38.60129
14	given	(0.11649, -0.00733, -0.99316), (-0.0088, -0.99994, 0.00635), (-0.99315, 0.008, -0.11655)	34.26817, 0.25672, 38.54223
15	given	(0.11213, -0.00884, -0.99365), (-0.01108, -0.99991, 0.00764), (-0.99363, 0.01015, -0.11222)	34.42091, 0.33496, 38.47535
16	given	(-0.5089, 0.13598, -0.85002), (0.00606, 0.98799, 0.15442), (0.86081, 0.07343, -0.50361)	60.51682, -2.32476, -3.60397
17	given	(-0.46237, 0.1503, -0.87386), (0.01051, 0.98639, 0.16409), (0.88663, 0.06668, -0.45765)	59.03748, -3.01978, -5.15919
18	given	(-0.87168, -0.04331, 0.48816), (0.03503, -0.99905, -0.02607), (0.48882, -0.00562, 0.87237)	40.63412, -1.10671, -26.07614
19	given	(-0.4804, 0.15227, 0.86373), (0.00362, 0.98515, -0.17166), (-0.87704, -0.07933, -0.47382)	28.66281, 0.46336, 22.30543
20	given	(-0.49933, 0.15704, 0.85206), (-0.00316, 0.9831, -0.18304), (-0.8664, -0.09409, -0.4904)	29.23914, 0.62156, 21.39228
21	given	(0.83666, -0.04839, 0.54558), (-0.13759, -0.98272, 0.12383), (0.53016, -0.17867, -0.82886)	12.44819, 2.2893, 6.33045
22	given	(-0.51502, 0.02081, 0.85692), (0.14183, 0.98799, 0.06125), (-0.84536, 0.15308, -0.51179)	33.82808, -5.27641, 49.98179
23	given	(0.83635, -0.14032, 0.52993), (-0.04956, -0.98208, -0.18183), (0.54594, 0.12581, -0.82832)	-13.24597, 4.09547, -1.63132
24	given	(0.84602, -0.13569, 0.51559), (-0.05259, -0.9836, -0.17255), (0.53054, 0.11887, -0.83928)	-13.5643, 3.99161, -0.86782
25	given	(-0.50646, 0.01233, -0.86217), (0.16695, 0.98238, -0.08403), (0.84594, -0.1865, -0.4996)	34.0451, -3.12326, -14.45142
26	given	(-0.89103, 0.03396, 0.45267), (-0.0379, -0.99928, 0.00035), (0.45235, -0.01684, 0.89168)	48.62573, 0.34033, 3.90906
27	given	(-0.89514, 0.04209, 0.44379), (-0.04843, -0.99882, -0.00294), (0.44314, -0.02412, 0.89613)	49.08134, 0.97874, 4.07842
28	given	(0.02982, 0.01408, -0.99946), (-0.13762, -0.99032, -0.01805), (-0.99004, 0.13808, -0.02759)	35.77655, 4.04892, 34.08782
29	given	(0.06436, 0.02698, -0.99756), (-0.13893, -0.98966, -0.03573), (-0.98821, 0.14089, -0.05994)	34.1637, 4.73096, 34.42914
30	given	(0.02245, 0.01481, -0.99964), (-0.1507, -0.98842, -0.01803), (-0.98832, 0.15105, -0.01996)	35.85344, 4.72923, 33.23837

#1: タンパク質	FIBRITIN, FIBER PROTEIN / ARTIFICAL FUSION OF ADENOVIRUS FIBRE SHAFT WITH BACTERIOPHAGE T4 FIBRITIN FOLDON / WHISKER ANTIGEN ...ARTIFICAL FUSION OF ADENOVIRUS FIBRE SHAFT WITH BACTERIOPHAGE T4 FIBRITIN FOLDON / WHISKER ANTIGEN CONTROL PROTEIN / COLLAR PROTEIN 分子量: 10792.961 Da / 分子数: 6 断片: SHAFT DOMAIN PLUS FOLDON DOMAIN, RESIDUES 319-392 AND 457-483 由来タイプ: 組換発現詳細: ARTIFICIAL FUSION PROTEIN OF ADENOVIRUS TYPE 2 FIBRE SHAFT RESIDUES 319-392 - BACTERIOPHAGE T4 FIBRITIN FOLDON RESIDUES 457-483 WITH A GLY-SER LINKER IN BETWEEN 由来: (組換発現) HUMAN ADENOVIRUS TYPE 2 (ヒトアデノウイルス), (組換発現) BACTERIOPHAGE T4 (ファージ) プラスミド: PT7.7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P03275, UniProt: P10104
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ADENOVIRUS FIBRE IS RESPONSIBLE FOR ADENOVIRUS RECEPTOR BINDING AND CONTAINS A VIRUS-BINDING N- ...ADENOVIRUS FIBRE IS RESPONSIBLE FOR ADENOVIRUS RECEPTOR BINDING AND CONTAINS A VIRUS-BINDING N-TERMINAL DOMAIN, A MIDDLE SHAFT DOMAIN AND A C-TERMINAL RECEPTOR-BINDING DOMAIN, BINDING TO THE HUMAN COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS PROTEIN. THE FIBRITIN CHAPERONE IS RESPONSIBLE FOR ATTACHMENT OF LONG TAIL FIBRES TO VIRUS PARTICLE. DURING PHAGE ASSEMBLY, 6 FIBRITIN MOLECULES ATTACH TO EACH VIRION NECK THROUGH THEIR N-TERMINAL DOMAINS, TO FORM A COLLAR WITH SIX FIBERS ('WHISKERS'). MOLECULES ATTACH TO EACH VIRION NECK THROUGH THEIR N-TERMINAL.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化	pH: 6 / 詳細: 0.2 M IMIDAZOLE-MALATE PH 6.0 8% (W/V) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 44492 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 22.083 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 4 / R_sym value: 0.168 / % possible all: 53.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QIU

1qiu

解像度: 1.9→20 Å / SU B: 3.6237 / SU ML: 0.1056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1656 / ESU R Free: 0.1584

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	1624	3.7 %	THIN SHELLS OF RESOLUTION
R_work	0.182	-	-	-
obs	-	42866	89 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0 Å²	0.42 Å²
2-	-	-1.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4520	0	0	442	4962

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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