PDB-1v0j: Udp-galactopyranose mutase from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1v0j

タイトル

Udp-galactopyranose mutase from Mycobacterium tuberculosis

要素

UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE

キーワード

ISOMERASE / MUTASE / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Actinobacterium-type cell wall biogenesis / UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Beis, K. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of Mycobacteria tuberculosis and Klebsiella pneumoniae UDP-galactopyranose mutase in the oxidised state and Klebsiella pneumoniae UDP-galactopyranose mutase in the (active) reduced state.
著者: Beis, K. / Srikannathasan, V. / Liu, H. / Fullerton, S.W. / Bamford, V.A. / Sanders, D.A. / Whitfield, C. / McNeil, M.R. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2004年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年2月28日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.4	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2019年10月9日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Structure summary カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct.title
改定 1.6	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1v0j.cif.gz	344.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1v0j.ent.gz	280.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1v0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/1v0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/1v0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wamC 2bi7C 2bi8C 1i8tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ewz-d 4yhy-d 4c2w-d 2h5g-d 1yvy-d 4imp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE

B: UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE

C: UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE

D: UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE

ヘテロ分子

187 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE

C: UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE

D: UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.601, 153.733, 137.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2044- HOH
2	1	A-2316- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	4 - 137
2	1	1	4	B	4 - 137
3	1	1	4	C	4 - 137
4	1	1	4	D	4 - 137
1	2	1	4	A	142 - 395
2	2	1	4	B	142 - 395
3	2	1	4	C	142 - 395
4	2	1	4	D	142 - 395
1	1	2	6	A	1393
2	1	2	6	B	1390
3	1	2	6	C	1388
4	1	2	6	D	1399 - 1388

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE / UDP-GALP MUTASE / NAD+-FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE-REQUIRING ENZYME 分子量: 45868.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAD COFACTOR AND BICINE 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) プラスミド: PET29B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O06934, UniProt: P9WIQ1*PLUS, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1021 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1M BICINE PH9.0, 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 277K, pH 9.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→24.5 Å / Num. obs: 1188969 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 3.3
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0007	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I8T

1i8t

解像度: 2.25→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	6208	5.1 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.227	115830	88.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12648	0	223	1021	13892

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	13246
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.543	1.962	18035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.57	5	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.992	22.784	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.997	15	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.199	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	5963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	8679
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.312	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.403	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.707	1.5	7941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.162	2	12448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.777	3	6247
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.77	4.5	5587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3162	medium positional	0.27	0.5
1	2	B	3162	medium positional	0.25	0.5
1	3	C	3162	medium positional	0.23	0.5
1	4	D	3162	medium positional	0.23	0.5
2	1	A	53	loose positional	0.11	5
2	2	B	53	loose positional	0.1	5
2	3	C	53	loose positional	0.1	5
2	4	D	53	loose positional	0.14	5
1	1	A	3162	medium thermal	1.07	2
1	2	B	3162	medium thermal	0.98	2
1	3	C	3162	medium thermal	0.66	2
1	4	D	3162	medium thermal	0.69	2
2	1	A	53	loose thermal	1.68	10
2	2	B	53	loose thermal	4.8	10
2	3	C	53	loose thermal	3.02	10
2	4	D	53	loose thermal	3.16	10

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	398	-
R_work	0.299	7917	-
obs	-	-	83.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6739	0.1059	0.05	0.2728	-0.6266	1.5752	0.0637	-0.0384	0.0275	-0.0582	-0.0556	0.0201	0.1634	0.2737	-0.0081	0.032	0.0735	-0.0121	-0.2014	-0.0057	-0.089	22.772	5.227	27.164
2	4.8013	3.4837	-7.0433	2.5821	-5.7955	18.9672	-0.2513	0.2328	0.383	-0.0912	0.0703	-0.2623	-0.3919	-0.5071	0.181	0.0002	0.0002	0.0002	0.0011	-0.0001	0.0001	43.008	72.288	35.354
3	2.1803	-0.6635	0.2928	0.2105	-0.1231	0.8792	-0.115	0.038	0.3078	0.0288	0.0063	-0.0519	-0.2127	-0.0539	0.1087	0.0117	-0.0017	-0.0353	-0.2181	0.105	0.0277	-1.828	33.398	2.059
4	2.7632	0.8164	-0.412	0.2624	-0.0633	0.9835	-0.1942	-0.0929	-0.427	-0.074	0.0458	-0.0614	0.2841	-0.0904	0.1484	0.0509	-0.0346	0.0347	-0.1033	0.1079	0.025	16.965	43.715	66.823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 395
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1393
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 395
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1390
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 395
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1388
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 395
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1388

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)