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- PDB-4c2w: Crystal structure of Aurora B in complex with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c2w
タイトルCrystal structure of Aurora B in complex with AMP-PNP
要素
  • AURORA KINASE B-A
  • INNER CENTROMERE PROTEIN A
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cytokinesis checkpoint signaling / negative regulation of cytokinesis / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / meiotic spindle midzone / meiotic spindle midzone assembly / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone assembly / cleavage furrow formation / midbody abscission / protein localization to kinetochore ...mitotic cytokinesis checkpoint signaling / negative regulation of cytokinesis / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / meiotic spindle midzone / meiotic spindle midzone assembly / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone assembly / cleavage furrow formation / midbody abscission / protein localization to kinetochore / chromosome passenger complex / histone H3S10 kinase activity / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cytokinesis / spindle midzone / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin / spindle assembly / post-translational protein modification / regulation of cytokinesis / mitotic spindle organization / spindle microtubule / chromosome segregation / kinetochore / spindle / spindle pole / cellular response to UV / chromosome / midbody / microtubule / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2990 / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / Aurora kinase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2990 / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / Aurora kinase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Inner centromere protein A / Aurora kinase B-A
類似検索 - 構成要素
生物種XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sessa, F. / Villa, F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structure of Aurora B-Incenp in Complex with Barasertib Reveals a Potential Transinhibitory Mechanism
著者: Sessa, F. / Villa, F.
履歴
登録2013年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AURORA KINASE B-A
B: AURORA KINASE B-A
C: INNER CENTROMERE PROTEIN A
D: INNER CENTROMERE PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3576
ポリマ－78,3454
非ポリマー1,0122
水12,647702
1
A: AURORA KINASE B-A
D: INNER CENTROMERE PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6793
ポリマ－39,1722
非ポリマー5061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-24.5 kcal/mol
Surface area17000 Å2
手法PISA
2
B: AURORA KINASE B-A
C: INNER CENTROMERE PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6793
ポリマ－39,1722
非ポリマー5061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-19.7 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.922, 66.656, 116.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 AURORA KINASE B-A / AURORA/IPL1-RELATED KINASE 2-A / AIRK2-A / XAIRK2-A / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A / ...AURORA/IPL1-RELATED KINASE 2-A / AIRK2-A / XAIRK2-A / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE AURO RA-B-A / XAURORA-B / PROTEIN KINASE


分子量: 33005.301 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 78-356 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q6DE08, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 INNER CENTROMERE PROTEIN A / XL-INCENP / XINC / XINCENP / MITOTIC PHOSPHOPROTEIN 130 / PROTEIN KINASE


分子量: 6167.122 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 797-847 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O13024
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.6 Å / Num. obs: 74825 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 30.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→43.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.736 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19534 3738 5 %RANDOM
Rwork0.15644 ---
obs0.15841 71057 97.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.236 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5298 0 54 702 6054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0195542
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1981.9887491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0363.00312283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06822.565269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.924151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6031552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2010.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 264 -
Rwork0.168 5011 -
obs--93.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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