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- PDB-1uz8: anti-Lewis X Fab fragment in complex with Lewis X -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uz8
タイトルanti-Lewis X Fab fragment in complex with Lewis X
要素
  • IGG FAB (IGG3, KAPPA) HEAVY CHAIN 291-2G3-A
  • IGG FAB (IGG3, KAPPA) LIGHT CHAIN 291-2G3-A
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / ANTI-CARBOHYDRATE
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Van Roon, A.M.M. / Pannu, N.S. / De Vrind, J.P.M. / Hokke, C.H. / Deelder, A.M. / Van Der marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Abrahams, J.P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Structure of an Anti-Lewis X Fab Fragment in Complex with its Lewis X Antigen
著者: Van Roon, A.M.M. / Pannu, N.S. / De Vrind, J.P.M. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Hokke, C.H. / Deelder, A.M. / Abrahams, J.P.
履歴
登録2004年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG FAB (IGG3, KAPPA) LIGHT CHAIN 291-2G3-A
B: IGG FAB (IGG3, KAPPA) HEAVY CHAIN 291-2G3-A
H: IGG FAB (IGG3, KAPPA) HEAVY CHAIN 291-2G3-A
L: IGG FAB (IGG3, KAPPA) LIGHT CHAIN 291-2G3-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0866
ポリマ－93,9994
非ポリマー1,0872
水5,170287
1
A: IGG FAB (IGG3, KAPPA) LIGHT CHAIN 291-2G3-A
B: IGG FAB (IGG3, KAPPA) HEAVY CHAIN 291-2G3-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5433
ポリマ－47,0002
非ポリマー5441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-11.5 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
2
H: IGG FAB (IGG3, KAPPA) HEAVY CHAIN 291-2G3-A
L: IGG FAB (IGG3, KAPPA) LIGHT CHAIN 291-2G3-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5433
ポリマ－47,0002
非ポリマー5441
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20160 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-6.9 kcal/mol
Surface area37560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.104, 60.778, 91.556
Angle α, β, γ (deg.)95.98, 95.41, 101.71
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.3981, -0.64951, 0.64781), (-0.65656, -0.69492, -0.29327), (0.64066, -0.30858, -0.70309)
ベクター: 0.19667, 44.5805, 48.39019)

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要素

#1: 抗体 IGG FAB (IGG3, KAPPA) LIGHT CHAIN 291-2G3-A


分子量: 24065.650 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-212 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA
#2: 抗体 IGG FAB (IGG3, KAPPA) HEAVY CHAIN 291-2G3-A


分子量: 22933.863 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-213 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 543.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGalpb1-4]DGlcpNAc[1Me]b1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_1*OC_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 14 % PEG 3350, 50 MM TRIS PH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.175 Å / Num. obs: 81582 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 72

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UZ6

1uz6


解像度: 1.8→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.144 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 4064 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs-77517 92.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.26 Å2-2.03 Å21.38 Å2
2---2.1 Å2-1.58 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6614 0 74 287 6975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0226889
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.9559393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67314074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1445854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.08124.022271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.485151105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5791533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.31064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2160.35729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.53981
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.5558
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0690.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.39
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1570.353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.543
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5441.55477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90526954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.78433122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6584.52431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.267 237
Rwork0.254 4630
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.02912.23811.39433.11571.61073.57010.0119-0.2765-0.15210.6688-0.27940.12550.6268-0.34060.26750.1997-0.06720.0862-0.0551-0.0264-0.0755-4.6755-4.420916.6703
22.564-0.0516-1.89250.90720.46914.97820.4421-0.40040.27790.3601-0.1161-0.0909-0.54570.2703-0.3260.2718-0.02960.0691-0.0468-0.0217-0.1175-0.244212.702724.4274
31.83761.08750.18673.1297-0.87567.53020.21080.5317-0.09250.0928-0.18440.28660.2276-0.6937-0.02640.02650.10350.02460.0504-0.04-0.1186-6.54785.8049.0127
42.7778-1.0235-2.82110.37711.03942.8650.51760.38390.5790.8917-0.10860.7425-0.4494-0.8243-0.40910.07050.08480.10560.04420.01020.0291-11.32911.620918.0852
51.44350.92250.44962.20091.91376.33680.0179-0.039-0.09240.4946-0.36610.42610.2688-1.02610.34810.0701-0.03840.12360.0645-0.1021-0.0344-11.52380.807315.6943
64.40.2615-2.09725.3936.33548.76030.5311-0.38750.30730.498-0.0619-0.1089-0.38990.5513-0.46910.2252-0.03540.0529-0.0583-0.0192-0.13464.746712.764318.946
70.41280.28350.15012.0940.82341.22710.05530.0213-0.10430.4101-0.14180.10140.4437-0.24240.0865-0.0508-0.0446-0.06740.02180.02830.0327-1.1632-20.2846-9.0333
81.8448-2.0703-0.63468.4349-0.86012.3508-0.04880.16920.2036-0.3739-0.0258-0.6527-0.11290.20320.07460.0035-0.08270.1421-0.1435-0.008-0.06279.667947.334533.6588
93.31850.6871-2.1440.231-0.17643.7439-0.23480.1058-0.2823-0.63830.1771-0.14980.3445-0.12760.05770.4086-0.04410.1829-0.0209-0.0349-0.02296.076729.884726.3596
104.91710.1942-1.39247.08633.199.8460.13980.00880.3153-0.42320.01310.0114-0.6992-0.5382-0.15290.23290.06290.0714-0.18110.0359-0.203-2.462543.401634.6161
118.002-4.1462-15.28933.69816.502430.51360.32660.57121.5424-1.8252-0.11870.14050.7109-1.7415-0.20780.089-0.1681-0.07120.03020.06320.0209-2.250339.305723.5188
121.2353-0.0530.20555.18880.58922.0689-0.00720.2770.1303-0.4317-0.1072-0.093-0.3372-0.1340.11440.1950.00050.0837-0.15380.022-0.18052.811148.120728.384
131.11441.4478-3.52536.1654-1.603413.2205-0.2792-0.1163-0.1846-0.54120.2736-0.60430.42720.58420.00570.2595-0.01120.1893-0.1461-0.0349-0.08734.392928.344133.3893
140.5350.2047-0.08282.19210.4491.34730.0794-0.04490.134-0.27880.1451-0.4866-0.29710.1332-0.2245-0.0901-0.02050.0152-0.0679-0.01120.13015.378663.60858.707
155.241-1.6488-2.39463.10870.80541.77030.33210.1178-0.1290.2268-0.09960.0192-0.5796-0.0983-0.2325-0.11220.146-0.0466-0.1320.0222-0.2186.546414.6581-4.8659
160.1455-0.06441.26916.88710.540411.24580.3092-0.0250.26980.12160.02380.6143-1.0355-0.1985-0.3330.10830.20760.1475-0.18450.0704-0.0972-2.112624.24734.8809
174.80110.581-3.85510.34870.70448.0203-0.11710.0186-0.35220.36660.104-0.15990.25620.03890.01310.0490.0597-0.0375-0.10110.0115-0.14137.79437.6816.5391
186.6022-4.14351.05319.8653-1.51183.84530.3805-0.05460.18180.8726-0.1502-0.0561-0.75340.5474-0.23030.189-0.06720.0345-0.1263-0.0381-0.199111.465820.620210.1474
193.29620.0861-1.38832.77270.99042.56440.2212-0.05360.14810.37070.0425-0.1185-0.54310.1441-0.2637-0.02370.0625-0.0313-0.1080.0128-0.16849.999216.43320.8877
205.582-1.2495-2.21562.55454.928510.17850.30670.4446-0.23480.1-0.17890.5631-0.2766-0.6429-0.12780.05970.17920.12670.01050.0765-0.0569-5.71816.73968.6972
210.86260.81270.42811.56640.47420.80620.0361-0.0343-0.00320.0606-0.03630.15240.0365-0.16270.0002-0.18080.0492-0.08080.09820.01260.0962-0.7587-5.2076-16.0531
221.6323-0.22322.35412.2145-1.10146.18970.08120.05950.2298-0.4261-0.06480.0741-0.1581-0.4544-0.0165-0.13140.1305-0.09310.06920.0523-0.0106-12.210932.924150.0582
232.120.1673-3.43247.7521-0.37075.5585-0.09910.9584-0.0752-1.02970.29220.5956-0.0682-0.8571-0.19310.1541-0.0045-0.20.15820.042-0.1379-15.039328.511434.8446
242.94530.9737-2.57944.98890.63199.07760.0239-0.11850.0543-0.75850.3172-0.4963-0.69550.4371-0.3411-0.04580.03320.0461-0.0961-0.0082-0.0580.392333.694345.3525
2512.66063.33394.93087.69612.19828.5335-0.2958-0.0451-0.4007-0.63860.1938-0.6020.4978-0.2960.1020.04250.02530.0646-0.1553-0.0131-0.1219-3.988220.991141.2002
260.68690.5475-0.88513.4771.02074.5601-0.00850.1452-0.0604-0.30160.0286-0.0790.0441-0.4141-0.0201-0.10230.0421-0.0548-0.01070.0313-0.0692-8.021927.722947.9372
276.39-4.4654-4.95778.4242-0.6458.87550.16890.54920.3355-1.0132-0.09260.2335-0.0812-0.9086-0.07630.30350.0363-0.07580.10230.1083-0.1345-9.174735.035132.1288
280.27220.05810.0793.1055-0.42480.73310.02220.01680.1394-0.38510.04760.0048-0.21050.07-0.0699-0.08910.0576-0.0678-0.02260.03620.0585-9.095455.439659.2129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2L24 - 34
3X-RAY DIFFRACTION2H1213 - 1215
4X-RAY DIFFRACTION3L35 - 49
5X-RAY DIFFRACTION4L50 - 56
6X-RAY DIFFRACTION5L57 - 88
7X-RAY DIFFRACTION6L89 - 97
8X-RAY DIFFRACTION7L98 - 212
9X-RAY DIFFRACTION8A1 - 23
10X-RAY DIFFRACTION9A24 - 34
11X-RAY DIFFRACTION9A1213 - 1215
12X-RAY DIFFRACTION10A35 - 49
13X-RAY DIFFRACTION11A50 - 56
14X-RAY DIFFRACTION12A57 - 88
15X-RAY DIFFRACTION13A89 - 97
16X-RAY DIFFRACTION14A98 - 212
17X-RAY DIFFRACTION15H1 - 26
18X-RAY DIFFRACTION16H27 - 35
19X-RAY DIFFRACTION17H36 - 49
20X-RAY DIFFRACTION18H50 - 66
21X-RAY DIFFRACTION19H67 - 94
22X-RAY DIFFRACTION20H95 - 104
23X-RAY DIFFRACTION21H105 - 213
24X-RAY DIFFRACTION22B1 - 26
25X-RAY DIFFRACTION23B27 - 35
26X-RAY DIFFRACTION24B36 - 49
27X-RAY DIFFRACTION25B50 - 66
28X-RAY DIFFRACTION26B67 - 94
29X-RAY DIFFRACTION27B95 - 104
30X-RAY DIFFRACTION28B105 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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