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万見
- PDB-1urz: Low pH induced, membrane fusion conformation of the envelope prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1urz
タイトルLow pH induced, membrane fusion conformation of the envelope protein of tick-borne encephalitis virus
要素ENVELOPE PROTEIN
キーワードVIRUS/VIRAL PROTEIN / ENVELOPE PROTEIN / MEMBRANE FUSION / VIRUS-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / endoplasmic reticulum membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus ...Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope protein E
類似検索 - 構成要素
生物種TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS (ダニ媒介脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bressanelli, S. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structure of a Flavivirus Envelope Glycoprotein in its Low-Ph-Induced Membrane Fusion Conformation.
著者: Bressanelli, S. / Stiasny, K. / Allison, S.L. / Stura, E.A. / Duquerroy, S. / Lescar, J. / Heinz, F.X. / Rey, F.A.
履歴
登録2003年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE PROTEIN
B: ENVELOPE PROTEIN
C: ENVELOPE PROTEIN
D: ENVELOPE PROTEIN
E: ENVELOPE PROTEIN
F: ENVELOPE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,7396
ポリマ－262,7396
非ポリマー00
水6,666370
1
A: ENVELOPE PROTEIN
B: ENVELOPE PROTEIN
C: ENVELOPE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,3693
ポリマ－131,3693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13860 Å2
ΔGint-54.1 kcal/mol
Surface area57750 Å2
手法PQS
2
D: ENVELOPE PROTEIN
E: ENVELOPE PROTEIN
F: ENVELOPE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,3693
ポリマ－131,3693
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14940 Å2
ΔGint-69.6 kcal/mol
Surface area57970 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)121.500, 142.900, 173.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.57966, 0.80976, 0.09102), (0.22321, -0.26521, 0.938), (0.78369, -0.5234, -0.33448)-20.55118, -43.38176, 102.40139
2given(0.58609, 0.21247, 0.78189), (0.80658, -0.24463, -0.53813), (0.07694, 0.94605, -0.31475)-58.1938, 59.44635, 75.21166
3given(-0.60776, -0.7852, -0.11868), (0.28167, -0.35287, 0.89227), (-0.74249, 0.50886, 0.43563)21.89181, -35.47573, -18.11276
4given(-0.62015, -0.22672, -0.75101), (0.78393, -0.14306, -0.60414), (0.02953, -0.96339, 0.26646)56.11505, 65.45663, 19.39991
5given(-0.99898, -0.04079, -0.01929), (-0.04269, 0.99288, 0.11121), (0.01461, 0.11192, -0.99361)1.66674, -4.39186, 88.7182
詳細THE VIRUS PARTICLE HAS A PROTEIN SHELL WITH ICOSAHEDRAL SYMMETRY MADE OF 180 DIMERS BEFORE EXPOSURE TO LOW PH. AFTER REARRANGEMENT AT LOW PH, THE SHELL LOSES ICOSAHEDRAL SYMMETRY AS THE ENVELOPE REARRANGES INTO 120 TRIMERS.

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要素

#1: タンパク質
ENVELOPE PROTEIN


分子量: 43789.758 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) TICK-BORNE ENCEPHALITIS VIRUS (ダニ媒介脳炎ウイルス)
株: NEUDOERFL / 参照: UniProt: Q80E47
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
解説: DATA CORRECTED FOR SPINDLE-SHUTTER DESYNCHRONISATION
結晶化pH: 4.5
詳細: PEG 4000 25%, SODIUM ACETATE 0.1M PH 4.5, N,N-DIMETHYLDECYLAMINE N-OXIDE (DDAO) 15 MM
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Stiasny, K., (2004) J. Virol., 78, 3178.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12-5 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium acetate1reservoirpH4.5
320-30 %PEG20001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.34106
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34106 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 80896 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 83.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 306381
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SVB

1svb


解像度: 2.7→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 4090 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 80896 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.1336 Å2 / ksol: 0.318351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.77 Å20 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3---4.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17616 0 0 370 17986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.432.5
Refine LS restraints NCSRms dev Biso : 4.11 Å2 / Rms dev position: 0.36 Å / Weight Biso : 2 / Weight position: 10
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 598 5.1 %
Rwork0.305 11019 -
obs--84.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.34 / Rfactor Rwork: 0.316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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