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- PDB-1upt: Structure of a complex of the golgin-245 GRIP domain with Arl1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1upt
タイトルStructure of a complex of the golgin-245 GRIP domain with Arl1
要素
  • ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 1
  • GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4
キーワードHYDROLASE/PROTEIN-BINDING / COMPLEX (GTPASE-GOLGIN) / GOLGIN-245 / GRIP / ARL1 / GOLGIN / GTPASE / G-PROTEIN / GOLGI / GRIP DIMER / PROTEIN SORTING / VESICLE TRAFFICKING / HYDROLASE-PROTEIN-BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase D activator activity / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / toxin metabolic process / Golgi vesicle transport / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / protein localization to Golgi apparatus / Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / Golgi organization / positive regulation of axon extension ...phospholipase D activator activity / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / toxin metabolic process / Golgi vesicle transport / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / protein localization to Golgi apparatus / Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / Golgi organization / positive regulation of axon extension / vesicle-mediated transport / trans-Golgi network membrane / trans-Golgi network / intracellular protein transport / enzyme activator activity / small GTPase binding / GTPase binding / Golgi membrane / protein domain specific binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
GRIP domain / GRIP domain / GRIP domain / GRIP domain profile. / golgin-97, RanBP2alpha,Imh1p and p230/golgin-245 / Small GTPase superfamily, ARF type / Annexin V; domain 1 / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type ...GRIP domain / GRIP domain / GRIP domain / GRIP domain profile. / golgin-97, RanBP2alpha,Imh1p and p230/golgin-245 / Small GTPase superfamily, ARF type / Annexin V; domain 1 / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor-like protein 1 / Golgin subfamily A member 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Panic, B. / Perisic, O. / Veprintsev, D.B. / Williams, R.L. / Munro, S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Arl1-Dependent Targeting of Homodimeric Grip Domains to the Golgi Apparatus
著者: Panic, B. / Perisic, O. / Veprintsev, D.B. / Williams, R.L. / Munro, S.
履歴
登録2003年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 1
B: GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4
C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 1
D: GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4
E: ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 1
F: GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4
G: ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 1
H: GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,61916
ポリマ－108,4308
非ポリマー2,1908
水4,864270
1
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 1
B: GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4
C: ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 1
D: GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3108
ポリマ－54,2154
非ポリマー1,0954
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 1
F: GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4
G: ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 1
H: GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3108
ポリマ－54,2154
非ポリマー1,0954
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.497, 89.711, 72.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.902, -0.1265, -0.4127), (-0.1473, -0.9889, -0.0189), (-0.4058, 0.0779, -0.9107)14.2154, 25.8952, 57.5195
2given(-0.9973, 0.0689, 0.0255), (0.0686, 0.9976, -0.0123), (-0.0263, -0.0105, -0.9996)-43.4342, -34.3617, 101.9896
3given(-0.9475, -0.0493, 0.3161), (0.0499, -0.9987, -0.0061), (0.316, 0.01, 0.9487)-55.6258, 65.9947, -22.7331
4given(0.9218, -0.103, -0.3737), (-0.0995, -0.9946, 0.0285), (-0.3747, 0.011, -0.9271)12.743, 25.6434, 60.5804
5given(-0.9969, 0.0617, 0.0481), (0.0644, 0.9964, 0.0553), (-0.0446, 0.0582, -0.9973)-44.7179, -38.6304, 98.7056
6given(-0.9204, -0.0579, 0.3866), (0.03, -0.9965, -0.0778), (0.3897, -0.0601, 0.919)-44.7179, -38.6304, 98.7056
詳細THE GRIP DOMAIN FOMES A DIMER IN SOLUTION . THERE ARE TWOGRIP DOMAIN DIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. THESE DIMERS ARECHAINS B/D AND CHAINS F/H. SINCE EACH OF THESE DIMERS ISIN COMPLEX WITH ARL1, THE ENTRY IS GIVEN AS TETRAMERIC.

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要素

#1: タンパク質
ADP-RIBOSYLATION FACTOR-LIKE PROTEIN 1 / ARL1


分子量: 19699.580 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 15-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: POPCG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P40616
#2: タンパク質
GOLGI AUTOANTIGEN, GOLGIN SUBFAMILY A MEMBER 4 / TRANS-GOLGI P230 / GOLGIN-245 / 72.1 PROTEIN / 256 KDA GOLGIN


分子量: 7407.808 Da / 分子数: 4 / 断片: GRIP DOMAIN RESIDUES 2170-2228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: POPCG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13439
#3: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MOL_ID 1 MAY PLAY A ROLE IN VESICULAR TRANSPORT FROM THE TRANS- GOLGI. MOL_ID 2 BELONGS TO THE ...MOL_ID 1 MAY PLAY A ROLE IN VESICULAR TRANSPORT FROM THE TRANS- GOLGI. MOL_ID 2 BELONGS TO THE SMALL GTPASE SUPERFAMILY.
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF CHAINS B, D, F AND H ARE ANNOTATED AS A SPLICE ISOFORM OF GOA4_HUMAN, WHICH HAS A ...THE SEQUENCE OF CHAINS B, D, F AND H ARE ANNOTATED AS A SPLICE ISOFORM OF GOA4_HUMAN, WHICH HAS A MODIFIED AT THE C-TERMINUS (FTSPRSGIF -> SWLRSSS). THE ID OF THIS VARIABLE ISOFORM IS ANNOTATED AS VSP_004275 IN THE SWISS-PROT ENTRY FOR THIS PROTEIN. 12OCT,2003.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 8.5
詳細: GROWTH IN 20% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5. RESERVOIR EXCHANGED FOR 31% PEG 3350, 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5, FROZEN IN 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5.
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.5
2100 mM1dropNaCl
31 mM1dropMgCl2
45 mMdithiothreitol1drop
510000 nMGTP1drop
611 mg/mlprotein1drop
720 %PEG33501reservoir
80.2 MTris-HCl1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97925,0.97942,0.93928
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月15日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979251
20.979421
30.939281
反射解像度: 1.7→67 Å / Num. obs: 94192 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 92.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1.7→67.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.388 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.126
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 3198 3.4 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.222 90538 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20.91 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→67.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7140 0 132 270 7542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227387
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.999988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83315907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9775879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2290.27654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.24543
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1150.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3290.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9061.54396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70227130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4132991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9334.52858
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.392 182
Rwork0.349 5526
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 67 Å / % reflection Rfree: 3.4 % / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_deg6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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