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- PDB-1uns: IDENTIFICATION OF A SECONDARY ZINC-BINDING SITE IN STAPHYLOCOCCAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uns
タイトルIDENTIFICATION OF A SECONDARY ZINC-BINDING SITE IN STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2: IMPLICATIONS FOR SUPERANTIGEN RECOGNITION
要素ENTEROTOXIN TYPE C-2
キーワードTOXIN / SUPERANTIGEN / ENTEROTOXIN / ZINC-BINDING SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enterotoxin type C-2
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Papageorgiou, A.C. / Baker, M.D. / McLeod, J.D. / Goda, S. / Sansom, D.M. / Tranter, H.S. / Acharya, K.R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Identification of a Secondary Zinc-Binding Site in Staphylococcal Enterotoxin C2: Implications for Superantigen Recognition
著者: Papageorgiou, A.C. / Baker, M.D. / Mcleod, J.D. / Goda, S. / Manzotti, C.N. / Sanson, D.M. / Tranter, H.S. / Acharya, K.R.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Structure of the Superantigen Enterotoxin C2 from Staphylococcus Aureus Reveals a Zinc-Binding Site
著者: Papageorgiou, A.C. / Acharya, K.R. / Shapiro, R. / Passalacqua, E.F. / Brehm, R.D. / Tranter, H.S.
#2: ジャーナル: Bacterial Superantigens: Structure, Function and Therapeutic Potential
年: 1995
タイトル: Molecular Topology is Important for the Function of Staphylococcal Superantigens
著者: Tranter, H. / Brehm, R.D. / Acharya, K.R.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structural Basis of Superantigen Action Inferred from Crystal Structure of Toxic-Shock Syndrome Toxin-1
著者: Acharya, K.R. / Passalacqua, E.F. / Jones, E.Y. / Harlos, K. / Stuart, D.I. / Brehm, R.D. / Tranter, H.S.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of a Microbial Superantigen Staphylococcal Enterotoxin C2
著者: Passalacqua, E.F. / Brehm, R.D. / Acharya, K.R. / Tranter, H.S.
履歴
登録2003年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENTEROTOXIN TYPE C-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7543
ポリマ－27,6231
非ポリマー1312
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.500, 44.540, 131.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ENTEROTOXIN TYPE C-2 / STAPHYLOCOCCAL ENTEROTOXIN C2 / SEC2


分子量: 27622.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P34071
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ZINC ION A1237 IS TETRAHEDRALLY COORDINATED TO HIS 118, HIS 122 ASP 83 AND ASP 9 FROM A SYMMETRY ...ZINC ION A1237 IS TETRAHEDRALLY COORDINATED TO HIS 118, HIS 122 ASP 83 AND ASP 9 FROM A SYMMETRY RELATED MOLECULE. ZINC ION A1238 IS TETRAHEDRALLY COORDINATED TO HIS 47 AND GLU 7 FROM ONE MOLECULE AND GLU 119, AND GLU 80 FROM A SYMMETRY RELATED MOLECULE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
217-20 %PEG60001reservoir
30.02 %sodium azide1reservoir
40.1-10 mMzinc acetate1reservoir
50.1 Mcacodylate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.88
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 16364 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 80816 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.06 Å / % possible obs: 72.1 % / Rmerge(I) obs: 0.297

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1STE

1ste


解像度: 2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2254 -5 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.1982 18932 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1893 0 2 77 1972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0059
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 16330 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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