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- PDB-1unh: Structural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1unh
タイトルStructural mechanism for the inhibition of CDK5-p25 by roscovitine, aloisine and indirubin.
要素
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1
キーワードCELL CYCLE / NEURODEGENERATIVE DISEASES / INDIRUBIN
機能・相同性
機能・相同性情報


superior olivary nucleus maturation / acetylcholine receptor activator activity / protein kinase 5 complex / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / regulation of cell cycle phase transition / contractile muscle fiber / Activated NTRK2 signals through CDK5 / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis ...superior olivary nucleus maturation / acetylcholine receptor activator activity / protein kinase 5 complex / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / regulation of cell cycle phase transition / contractile muscle fiber / Activated NTRK2 signals through CDK5 / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / layer formation in cerebral cortex / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / receptor catabolic process / protein localization to synapse / cerebellar cortex formation / regulation of dendritic spine morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / NGF-stimulated transcription / ErbB-3 class receptor binding / synaptic transmission, dopaminergic / negative regulation of protein export from nucleus / motor neuron axon guidance / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / axon extension / axonal fasciculation / calcium ion import / regulation of synaptic vesicle cycle / regulation of synaptic vesicle recycling / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of neuron differentiation / dendrite morphogenesis / tau-protein kinase activity / phosphorylation / synaptic vesicle transport / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / receptor clustering / beta-tubulin binding / central nervous system neuron development / oligodendrocyte differentiation / behavioral response to cocaine / synaptic vesicle exocytosis / negative regulation of cell cycle / synaptic vesicle endocytosis / protein kinase activator activity / DARPP-32 events / positive regulation of protein targeting to membrane / ephrin receptor signaling pathway / alpha-tubulin binding / regulation of macroautophagy / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Schwann cell development / regulation of protein localization to plasma membrane / skeletal muscle tissue development / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synapse assembly / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / negative regulation of proteolysis / ionotropic glutamate receptor binding / ephrin receptor binding / sensory perception of pain / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of protein ubiquitination / peptidyl-threonine phosphorylation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cerebellum development / axonogenesis / axon guidance / regulation of cell migration / protein serine/threonine kinase activator activity / hippocampus development / cell-matrix adhesion / excitatory postsynaptic potential / synaptic transmission, glutamatergic / filopodium / regulation of actin cytoskeleton organization / intracellular protein transport / Hsp90 protein binding / brain development / neuromuscular junction / visual learning / regulation of synaptic plasticity / tau protein binding / microtubule cytoskeleton organization / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / neuron differentiation / cellular response to amyloid-beta / neuron migration / neuron projection development / actin filament binding / kinase activity / p53 binding / rhythmic process / positive regulation of neuron apoptotic process / cell junction / lamellipodium / presynapse
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IXM / Cyclin-dependent kinase 5 / Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Mapelli, M. / Crovace, C. / Massimiliano, L. / Musacchio, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Mechanism of Cdk5/P25 Binding by Cdk Inhibitors
著者: Mapelli, M. / Massimilinao, L. / Crovace, C. / Seeliger, M.A. / Tsai, L.-H. / Meijer, L. / Musacchio, A.
履歴
登録2003年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6556
ポリマ－113,1004
非ポリマー5552
水3,783210
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8273
ポリマ－56,5502
非ポリマー2771
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-15.4 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
2
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8273
ポリマ－56,5502
非ポリマー2771
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-15.2 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.541, 90.124, 83.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 / TAU PROTEIN KINASE II / TPKII CATALYTIC / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE PSSALRE / CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5


分子量: 33349.477 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00535, cyclin-dependent kinase
#2: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1 / CDK5 ACTIVATOR 1 / CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 REGULATORY SUBUNIT 1 / TAU PROTEIN KINASE II / TPKII ...CDK5 ACTIVATOR 1 / CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 REGULATORY SUBUNIT 1 / TAU PROTEIN KINASE II / TPKII REGULATORY SUBUNIT / P23 / P25 / P35NCK5A


分子量: 23200.678 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 100-307 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15078
#3: 化合物 ChemComp-IXM / (Z)-1H,1'H-[2,3']BIINDOLYLIDENE-3,2'-DIONE-3-OXIME / INDIRUBIN-3'-MONOXIME / (2Z)-2-(2-オキソインドリン-3-イリデン)インドリン-3-オンオキシム


分子量: 277.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11N3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE ASP 144 ASN, CHAIN A AND B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化pH: 7
詳細: 13% PEG 3350, 0.1 M KI 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 50596 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H4L

1h4l


解像度: 2.35→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2303 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 43327 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20.02 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6834 0 42 210 7086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0217040
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0461.989530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.711315004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2195836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2870.21700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3090.26670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1110.23311
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2870.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2730.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6821.54234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28626846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15432806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2884.52684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 172
Rwork0.267 3177
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.79160.2156-0.68742.25960.23052.97030.0218-0.06010.14630.04450.0515-0.0469-0.05580.0144-0.07330.0797-0.0072-0.06070.07010.01530.047645.69954.573326.3756
22.7816-0.27910.662.0697-0.00052.87940.0266-0.013-0.1145-0.1420.0292-0.09690.03890.0115-0.05580.0983-0.0190.07330.07630.00280.118646.18533.598116.2967
34.03610.35520.6483.52650.86683.405-0.06920.4298-0.2504-0.1101-0.00810.55240.0837-0.36890.07730.0987-0.0395-0.0010.2180.00480.251217.0763-8.909325.4588
44.57-0.9245-0.6583.8340.55133.0059-0.1396-0.49820.12680.15420.08880.3859-0.0153-0.19820.05080.1580.017-0.03290.1540.01450.140217.474846.725413.5262
5-2.0671-3.19467.10284.8136-2.5237-7.1878-0.59950.14650.2826-0.2662-0.7603-0.5134-0.17580.52431.35980.2793-0.00230.01090.2882-0.02660.29139.854818.839320.8793
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 24
2X-RAY DIFFRACTION1A25 - 38
3X-RAY DIFFRACTION1A39 - 82
4X-RAY DIFFRACTION1A83 - 287
5X-RAY DIFFRACTION2B2 - 24
6X-RAY DIFFRACTION2B25 - 38
7X-RAY DIFFRACTION2B39 - 82
8X-RAY DIFFRACTION2B83 - 287
9X-RAY DIFFRACTION3D147 - 293
10X-RAY DIFFRACTION4E147 - 293
11X-RAY DIFFRACTION5A1288
12X-RAY DIFFRACTION5B1288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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