PDB-7jum: Pfs230 D1 domain in complex with neutralizing antibody LMIV230-01

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jum

タイトル

Pfs230 D1 domain in complex with neutralizing antibody LMIV230-01

要素

Gametocyte surface protein P230
Neutralizing antibody, LMIV230-01 Single-chain Fv

キーワード

CELL INVASION / Pfs230D1 / Pfs230 / monoclonal antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.998 Å

データ登録者

Tolia, N. / Tang, W.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: A human monoclonal antibody blocks malaria transmission and defines a highly conserved neutralizing epitope on gametes.
著者: Coelho, C.H. / Tang, W.K. / Burkhardt, M. / Galson, J.D. / Muratova, O. / Salinas, N.D. / Alves E Silva, T.L. / Reiter, K. / MacDonald, N.J. / Nguyen, V. / Herrera, R. / Shimp, R. / Narum, D. ...

履歴

登録	2020年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jum.cif.gz	278.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jum.ent.gz	215.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/7jum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/7jum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5jm9-d 6jj8-1 1d4d-d 1unh-1 4fqx-3 3sgx-d 5l8d-2 4ieb-d 4n8h-2 4h3a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gametocyte surface protein P230

B: Gametocyte surface protein P230

C: Gametocyte surface protein P230

H: Neutralizing antibody, LMIV230-01 Single-chain Fv

I: Neutralizing antibody, LMIV230-01 Single-chain Fv

J: Neutralizing antibody, LMIV230-01 Single-chain Fv

147 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gametocyte surface protein P230

H: Neutralizing antibody, LMIV230-01 Single-chain Fv

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Gametocyte surface protein P230

I: Neutralizing antibody, LMIV230-01 Single-chain Fv

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Gametocyte surface protein P230

J: Neutralizing antibody, LMIV230-01 Single-chain Fv

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.020, 144.020, 54.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細 (eV)
1	1	Chains A B
2	2	Chains A C
3	3	Chains B C
4	4	Chains H I
5	5	Chains H J
6	6	Chains I J

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Gametocyte surface protein P230 分子量: 21881.838 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFS230, PF230, S230 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68874
#2: 抗体	Neutralizing antibody, LMIV230-01 Single-chain Fv 分子量: 27154.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1086 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 26 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.998→19.74 Å / Num. obs: 85033 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 3.22 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 5.34
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 5629 / CC_1/2: 0.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.998→19.739 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.246 / WR_factor R_work: 0.199 / SU B: 5.391 / SU ML: 0.143 / Average fsc free: 0.8858 / Average fsc work: 0.8981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2331	4252	5 %
R_work	0.1909	80781	-
all	0.193	-	-
obs	-	85033	99.188 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.245 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.449 Å²	-0.225 Å²	0 Å²
2-	-	-0.449 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.457 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.998→19.739 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9429	0	0	1086	10515

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	9643
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.463	1.651	13057
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.23	1.579	20904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.734	5	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.358	23.844	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.458	15	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.782	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	7920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	4508
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	4246
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	847
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.235	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.178	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.438	3.211	4821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.437	3.21	4820
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.529	4.798	6011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.529	4.798	6012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.051	3.539	4822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.051	3.539	4823
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.72	5.147	7045
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.72	5.148	7046
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.604	37.249	10593
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.529	36.807	10341
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.075	0.05	5392
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.08	0.05	5318
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.071	0.05	5345
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.059	0.05	6946
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.086	0.05	6814
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.081	0.05	6837

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.998-2.049	0.384	296	0.335	5629	0.337	6260	0.681	0.709	94.6486	0.327
2.049-2.105	0.294	307	0.294	5825	0.294	6152	0.804	0.788	99.6749	0.285
2.105-2.165	0.306	297	0.257	5638	0.26	5977	0.848	0.858	99.2973	0.246
2.165-2.231	0.275	285	0.246	5434	0.247	5775	0.853	0.864	99.0303	0.234
2.231-2.303	0.258	277	0.21	5257	0.212	5581	0.885	0.902	99.1579	0.2
2.303-2.383	0.253	272	0.194	5161	0.197	5447	0.902	0.912	99.743	0.187
2.383-2.472	0.252	262	0.184	4982	0.188	5251	0.899	0.918	99.8667	0.177
2.472-2.571	0.232	253	0.169	4809	0.172	5065	0.921	0.939	99.9408	0.164
2.571-2.683	0.257	239	0.184	4546	0.188	4789	0.907	0.924	99.9165	0.181
2.683-2.811	0.229	233	0.177	4412	0.18	4651	0.916	0.934	99.871	0.176
2.811-2.96	0.237	222	0.179	4217	0.182	4445	0.916	0.936	99.865	0.18
2.96-3.135	0.234	206	0.183	3913	0.186	4136	0.921	0.937	99.589	0.188
3.135-3.346	0.24	198	0.186	3764	0.188	3979	0.916	0.941	99.5728	0.193
3.346-3.605	0.225	181	0.182	3450	0.184	3639	0.942	0.95	99.7802	0.193
3.605-3.936	0.187	169	0.174	3212	0.175	3381	0.95	0.954	100	0.191
3.936-4.379	0.233	153	0.16	2893	0.164	3051	0.937	0.955	99.8361	0.187
4.379-5.016	0.187	136	0.16	2585	0.161	2727	0.961	0.966	99.78	0.192
5.016-6.046	0.19	116	0.19	2219	0.19	2345	0.957	0.956	99.5736	0.22
6.046-8.175	0.207	91	0.2	1727	0.2	1823	0.953	0.95	99.7257	0.232
8.175-19.739	0.209	59	0.189	1107	0.19	1169	0.955	0.953	99.7434	0.223

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