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- PDB-1un6: THE CRYSTAL STRUCTURE OF A ZINC FINGER - RNA COMPLEX REVEALS TWO ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1un6
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF A ZINC FINGER - RNA COMPLEX REVEALS TWO MODES OF MOLECULAR RECOGNITION
要素
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
キーワードRNA-BINDING PROTEIN/RNA / COMPLEX(ZINC FINGER-RNA) / TFIIIA / 5S RIBOSOMAL RNA / ZINC FINGER / RNA-PROTEIN COMPLEX / X. LAEVIS / TRANSCRIPTION REGULATION / RNA-BINDING / DNA-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit biogenesis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / TFIIIA, beta-beta-alpha zinc finger / : / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...: / TFIIIA, beta-beta-alpha zinc finger / : / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Transcription factor IIIA
類似検索 - 構成要素
生物種XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lu, D. / Searles, M.A. / Klug, A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of a Zinc-Finger-RNA Complex Reveals Two Modes of Molecular Recognition
著者: Lu, D. / Searles, M.A. / Klug, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The Role of the Central Zinc Fingers of Transcription Factor Iiia in Binding to 5S RNA
著者: Searles, M.A. / Lu, D. / Klug, A.
履歴
登録2003年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
C: TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
D: TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
E: 5S RIBOSOMAL RNA
F: 5S RIBOSOMAL RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,15626
ポリマ－70,3175
非ポリマー83921
水28816
1
C: TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
E: 5S RIBOSOMAL RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3029
ポリマ－30,0092
非ポリマー2937
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
D: TRANSCRIPTION FACTOR IIIA
F: 5S RIBOSOMAL RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,85417
ポリマ－40,3083
非ポリマー54614
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.598, 191.593, 79.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細THE ENTRY CONTAINS TWO COPIES OF THE RNA- PROTEIN COMPLEXAND AN EXTRA PROTEIN WITH CHAIN IDENTIFIER D. THE TWOCOPIES OF RNA ARE IN CHAIN IDENTIFIERS E AND F, AND THE TWOCOPIES OF THE PROTEIN IN THE COMPLEXES ARE IN THE CHAINIDENTIFIERS B AND C.THE DIMER DESCRIBED IN REMARK 350 DOES NOT REFLECTA BIOLOGICALLY FUNCTIONAL DIMER.

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR IIIA / TFIIIA / FACTOR A / S-TFIIIA/O-TFIIIA


分子量: 10299.835 Da / 分子数: 3
断片: FINGERS 4,5 AND 6, RESIDUES 127 - 212 UNDER SWISSPROT NUMBERING FOR SOMATIC TFIIIA
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
Cell: OOCYTE / 器官: OVARY / プラスミド: PET13A3F / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03001
#2: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 19708.777 Da / 分子数: 2
断片: CENTRAL REGION, NUCLEOTIDES 4 - 15,64 -82,94-115, PLUS TWO TETRALOOPS JOINING 15 - 64 AND 82 -94 RESPECTIVELY
由来タイプ: 天然 / 詳細: IN VITRO TRANSCRIPTION TO PRODUCE THE RNA
由来: (天然) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
Cell: OOCYTE / 器官: OVARY
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ACTS BOTH AS A POSITIVE TRANSCRIPTION FACTOR FOR 5S RNA GENES AND A SPECIFIC RNA BINDING PROTEIN ...ACTS BOTH AS A POSITIVE TRANSCRIPTION FACTOR FOR 5S RNA GENES AND A SPECIFIC RNA BINDING PROTEIN THAT COMPLEXES WITH 5S RNA IN OOCYTES TO FORM THE 7S RIBONUCLEOPROTEIN STORAGE PARTICLE. COULD PLAY AN ESSENTIAL ROLE IN THE DEVELOPMENTAL CHANGE IN 5S RNA GENE EXPRESSION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 20% PEG 8000, 200MM KCL, 5MM MGCL2, 50MM MES, PH 5.6, 3MM DTT, 0.3MM ZNSO4
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 %PEG80001reservoir
2200 mM1reservoirKCl
35 mM1reservoirMgCl2
450 mMMES1reservoirpH5.6
53 mMdithiothreitol1reservoir
60.3 mM1reservoirZnSO4
75 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)波長
シンクロトロンESRF BM30A11.28200, 1.28347, 1.0426
シンクロトロンSRS PX14.220.979
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2002年10月15日MIRRORS
2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI(111)MADMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2821
21.283471
31.04261
40.9791
反射解像度: 3.1→35.2 Å / Num. obs: 15267 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.051

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNSモデル構築
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
SHELX位相決定
SHARP位相決定
CNS位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→35.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2782617.75 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: REFMAC5 WAS USED TO REACH R=0.2 AND RFREE=0.3, THEN THE MODEL WAS REFINED IN CNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 754 4.9 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 15266 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.8942 Å2 / ksol: 0.272189 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.94 Å20 Å24.94 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----6.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→35.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 2608 21 16 4554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.732.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 139 5.5 %
Rwork0.322 2385 -
obs--97.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0067
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg28.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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