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- PDB-1ule: CGL2 in complex with linear B2 trisaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ule
タイトルCGL2 in complex with linear B2 trisaccharide
要素galectin-2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galectin / lectin / beta-galactoside binding lectin / sugar binding
機能・相同性
機能・相同性情報


endomembrane system / carbohydrate binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Coprinopsis cinerea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Walser, P.J. / Haebel, P.W. / Kuenzler, M. / Kues, U. / Aebi, M. / Ban, N.
引用
ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Structure and Functional Analysis of the Fungal Galectin CGL2
著者: Walser, P.J. / Haebel, P.W. / Kuenzler, M. / Sargent, D. / Kues, U. / Aebi, M. / Ban, N.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 1998
タイトル: Crystallography & NMR system: A new software suite for macromolecular structure determination.
著者: Brunger, A.T. / Adams, P.D. / Clore, G.M. / DeLano, W.L. / Gros, P. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Jiang, J.S. / Kuszewski, J. / Nilges, M. / Pannu, N.S. / Read, R.J. / Rice, L.M. / Simonson, T. / Warren, G.L.
履歴
登録2003年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: galectin-2
B: galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6254
ポリマ－33,5342
非ポリマー1,0912
水5,332296
1
A: galectin-2
B: galectin-2
ヘテロ分子

A: galectin-2
B: galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2508
ポリマ－67,0684
非ポリマー2,1824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area10680 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area25010 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.315, 66.315, 218.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The galectin tetramer is generated from the dimer by a 2 fold rotation: -y, -x, -z+1/2

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要素

#1: タンパク質 galectin-2 / CGL2


分子量: 16766.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coprinopsis cinerea (菌類) / 遺伝子: cgl2 / プラスミド: pYADE4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): SEY 6210 / 参照: GenBank: 6983931, UniProt: Q9P4R8*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PEG 3350, PEG 400, sodium phosphate, sodium chloride, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→49.03 Å / Num. all: 26251 / Num. obs: 27145 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Limit h max: 30 / Limit h min: 0 / Limit k max: 21 / Limit k min: 0 / Limit l max: 101 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 585892.71 / Observed criterion F min: 0.55 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.5 % / Num. unique all: 2670 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CGL2-Lactose

解像度: 2.15→49.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1285 4.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all-26251 --
obs-26251 95.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 63.1547 Å2 / ksol: 0.355203 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 79.3 Å2 / Biso mean: 34.94 Å2 / Biso min: 10.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.37 Å20 Å20 Å2
2--3.37 Å20 Å2
3----6.75 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
Luzzati d res high-2.15
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2376 0 74 296 2746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.092.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.15-2.250.2491334.40.22328640.0223323299790.2
2.25-2.370.2871825.80.22629540.0213361313693.3
2.37-2.520.2471494.70.20630360.023348318595.1
2.52-2.710.2931514.70.22630820.0243371323395.9
2.71-2.990.2651624.90.22931360.0213401329896.9
2.99-3.420.2451855.50.20931850.0183417337098.6
3.42-4.310.1971484.30.17833060.0163475345499.4
4.31-49.030.2011754.90.1834030.0153696357896.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5cis_peptide.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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