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- PDB-1uld: CGL2 in complex with blood group H type II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uld
タイトルCGL2 in complex with blood group H type II
要素galectin-2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galectin / lectin / beta-galactoside binding lectin / sugar binding
機能・相同性
機能・相同性情報


endomembrane system / carbohydrate binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H type 2 antigen, beta anomer / : / Galectin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Coprinopsis cinerea (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Walser, P.J. / Haebel, P.W. / Kuenzler, M. / Kues, U. / Aebi, M. / Ban, N.
引用
ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Structure and Functional Analysis of the Fungal Galectin CGL2
著者: Walser, P.J. / Haebel, P.W. / Kuenzler, M. / Sargent, D. / Kues, U. / Aebi, M. / Ban, N.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 1998
タイトル: Crystallography & NMR system: A new software suite for macromolecular structure determination.
著者: Brunger, A.T. / Adams, P.D. / Clore, G.M. / DeLano, W.L. / Gros, P. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Jiang, J.S. / Kuszewski, J. / Nilges, M. / Pannu, N.S. / Read, R.J. / Rice, L.M. / Simonson, T. / Warren, G.L.
履歴
登録2003年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: galectin-2
B: galectin-2
C: galectin-2
D: galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1868
ポリマ－67,0684
非ポリマー2,1184
水6,107339
1
A: galectin-2
B: galectin-2
ヘテロ分子

A: galectin-2
B: galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1868
ポリマ－67,0684
非ポリマー2,1184
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area10600 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area24520 Å2
手法PISA, PQS
2
C: galectin-2
D: galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5934
ポリマ－33,5342
非ポリマー1,0592
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10650 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area24500 Å2
手法PISA
3
C: galectin-2
D: galectin-2
ヘテロ分子

C: galectin-2
D: galectin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1868
ポリマ－67,0684
非ポリマー2,1184
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-y,-x,-z+2/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)113.613, 113.613, 122.329
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
詳細2 galectin tetramers is from crystallographic dimers by -y, -x, 2/3-z

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要素

#1: タンパク質
galectin-2 / CGL2


分子量: 16766.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coprinopsis cinerea (菌類) / 遺伝子: cgl2 / プラスミド: pYADE4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): SEY 6210 / 参照: GenBank: 6983931, UniProt: Q9P4R8*PLUS
#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / H type 2 antigen / beta anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 529.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: H type 2 antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PEG 3350, PEG 400, sodium phosphate, sodium chloride, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→49.2 Å / Num. all: 54397 / Num. obs: 51209 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Limit h max: 47 / Limit h min: -27 / Limit k max: 54 / Limit k min: -27 / Limit l max: 58 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 554255.94 / Observed criterion F min: 0.32 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.08→2.14 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5256 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CGL2-lactose

解像度: 2.1→49.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2582 5 %random
Rwork0.218 ---
all-52776 --
obs-51209 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 50.3069 Å2 / ksol: 0.360145 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 94.17 Å2 / Biso mean: 28.8 Å2 / Biso min: 5.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.78 Å23.37 Å20 Å2
2--3.78 Å20 Å2
3----7.56 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res high-2.1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4752 0 144 339 5235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.872.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1-2.20.3353205.40.30656540.0196583597490.7
2.2-2.310.3072984.80.25159100.0186565620894.5
2.31-2.460.2783295.20.23960020.0156577633196.3
2.46-2.650.2583054.80.2360810.0156564638697.3
2.65-2.910.2653325.20.23861050.0156571643798
2.91-3.330.2763305.10.24362020.0156597653299
3.33-4.20.2213164.80.19862910.0126625660799.7
4.2-29.20.1993525.20.17563820.0116749673499.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5cis_peptide.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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