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- PDB-1ugy: Crystal structure of jacalin- mellibiose (Gal-alpha(1-6)-Glc) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ugy
タイトルCrystal structure of jacalin- mellibiose (Gal-alpha(1-6)-Glc) complex
要素
  • (Agglutinin alpha ...) x 2
  • Agglutinin beta-3 chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / All beta sheets protein / Beta-prism I fold / Gal specific
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-melibiose / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus integer (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jeyaprakash, A.A. / Katiyar, S. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis of the Carbohydrate Specificities of Jacalin: An X-ray and Modeling Study
著者: Jeyaprakash, A.A. / Katiyar, S. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the jacalin-T-antigen complex and a comparative study of lectin-T-antigen complexes
著者: Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Reddy, G.B. / Banumathi, S. / Betzel, C. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: A Novel mode of carbohydrate recognition in jacalin, A moraceae plant lectin with a beta-prism fold
著者: Sankaranarayanan, R. / Sekar, K. / Banerjee, R. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2003年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,19212
ポリマ－66,8238
非ポリマー1,3694
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14750 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area23860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.460, 99.830, 105.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Agglutinin alpha ... , 2種, 4分子 AGCE

#1: タンパク質 Agglutinin alpha chain / Jacalin alpha chain


分子量: 14643.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 器官: seeds / 参照: UniProt: P18670
#3: タンパク質 Agglutinin alpha chain / Jacalin alpha chain


分子量: 14673.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 器官: seeds / 参照: UniProt: P18670

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 259分子 BDFH

#2: タンパク質・ペプチド
Agglutinin beta-3 chain / Jacalin beta-3 chain


分子量: 2047.204 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 器官: seeds / 参照: UniProt: P18673
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose / alpha-melibiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-melibiose
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-6DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

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詳細

配列の詳細THERE ARE REPORTED EVIDENCES FOR THE SEQUENCE HETEROGENITY AT THE 45TH POSITION IN CHAIN A AND CHAIN G.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate trihydrate buffer, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.02 Mphosphate1droppH7.3
30.1 M1dropNaCl
40.025 %(w/v)sodium azide1drop
58-10 %PEG40001drop
640 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic mirror
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 32331 / Num. obs: 32331 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Num. unique all: 3044 / % possible all: 91.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 106303
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 91.1 % / Num. unique obs: 3044 / Rmerge(I) obs: 0.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1643950.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 948 2.9 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 32307 95.2 %-
all-32331 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.0888 Å2 / ksol: 0.310732 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.63 Å20 Å20 Å2
2---11.54 Å20 Å2
3----4.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4608 0 92 255 4955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.141.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.772.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 153 3 %
Rwork0.28 4948 -
obs--91.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CIS.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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