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万見
- PDB-1ugn: Crystal structure of LIR1.02, one of the alleles of LIR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ugn
タイトルCrystal structure of LIR1.02, one of the alleles of LIR1
要素Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin-like folds
機能・相同性
機能・相同性情報


HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / negative regulation of serotonin secretion / MHC class Ib protein complex binding / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding ...HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity / positive regulation of gamma-delta T cell activation involved in immune response / negative regulation of serotonin secretion / MHC class Ib protein complex binding / HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-inhibiting cell surface receptor signaling pathway / inhibitory MHC class I receptor activity / negative regulation of dendritic cell differentiation / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / MHC class Ib protein binding / MHC class Ib receptor activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / immune response-regulating signaling pathway / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / MHC class I receptor activity / negative regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of alpha-beta T cell activation / dendritic cell differentiation / interleukin-10-mediated signaling pathway / protein phosphatase 1 binding / negative regulation of osteoclast development / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of endocytosis / negative regulation of interferon-beta production / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / T cell proliferation involved in immune response / positive regulation of macrophage cytokine production / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of calcium ion transport / MHC class I protein binding / negative regulation of cell cycle / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / SH2 domain binding / receptor internalization / response to virus / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / adaptive immune response / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shiroishi, M. / Rasubala, L. / Kuroki, K. / Amano, K. / Tsuchiya, N. / Tokunaga, K. / Kohda, D. / Maenaka, K.
引用ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2005
タイトル: Extensive polymorphisms of LILRB1 (ILT2, LIR1) and their association with HLA-DRB1 shared epitope negative rheumatoid arthritis.
著者: Kuroki, K. / Tsuchiya, N. / Shiroishi, M. / Rasubala, L. / Yamashita, Y. / Matsuta, K. / Fukazawa, T. / Kusaoi, M. / Murakami, Y. / Takiguchi, M. / Juji, T. / Hashimoto, H. / Kohda, D. / ...著者: Kuroki, K. / Tsuchiya, N. / Shiroishi, M. / Rasubala, L. / Yamashita, Y. / Matsuta, K. / Fukazawa, T. / Kusaoi, M. / Murakami, Y. / Takiguchi, M. / Juji, T. / Hashimoto, H. / Kohda, D. / Maenaka, K. / Tokunaga, K.
履歴
登録2003年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0861
ポリマ－22,0861
非ポリマー00
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.437, 103.414, 53.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Leukocyte immunoglobulin-like receptor 1 / LIR1


分子量: 22085.723 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain (domain1 and 2) / 変異: A70T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGMT7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NHL6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris chloride, 0.7M potassium sodium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 18378 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique all: 1539 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1UFU

1ufu


解像度: 1.8→8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 922 -random
Rwork0.205 ---
obs0.205 18080 95.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1464 0 0 175 1639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.027
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 136 -
Rwork0.256 --
obs-2394 81.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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