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- PDB-1ucb: STRUCTURE OF UNCOMPLEXED FAB COMPARED TO COMPLEX (1CLY, 1CLZ) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ucb
タイトルSTRUCTURE OF UNCOMPLEXED FAB COMPARED TO COMPLEX (1CLY, 1CLZ)
要素(CHIMERIC HUMAN/MOUSE IGG FAB FRAGMENT BR96) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / FAB / ANTIBODY / ANTI-TUMOR / CHIMERA
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sheriff, S. / Bajorath, J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray structure of the uncomplexed anti-tumor antibody BR96 and comparison with its antigen-bound form.
著者: Sheriff, S. / Chang, C.Y. / Jeffrey, P.D. / Bajorath, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Monoclonal Anti-Tumor Antibody Br96 and its Complex with the Lewis Y Determinant
著者: Chang, C.Y. / Jeffrey, P.D. / Bajorath, J. / Hellstrom, I. / Hellstrom, K.E. / Sheriff, S.
履歴
登録1996年2月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CHIMERIC HUMAN/MOUSE IGG FAB FRAGMENT BR96
H: CHIMERIC HUMAN/MOUSE IGG FAB FRAGMENT BR96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7833
ポリマ－47,6872
非ポリマー961
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.100, 174.300, 45.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 CHIMERIC HUMAN/MOUSE IGG FAB FRAGMENT BR96 / CBR96 FAB / IMMUNOGLOBULIN


分子量: 24077.883 Da / 分子数: 1
断片: MOUSE VH AND VL DOMAINS, HUMAN CL KAPPA AND CH1 IGG1 DOMAINS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: MOUSE/HUMAN CHIMERA. MOUSE HYBRIDOMA PRODUCED BY FUSIONING BALB/C SPLEEN CELLS WITH 2X63-AG 8.653 MOUSE MYELOMA CELLS. HUMAN CONSTANT REGIONS INTRODUCED BY HOMOLOGOUS RECOMBINATION. CL IS ...解説: MOUSE/HUMAN CHIMERA. MOUSE HYBRIDOMA PRODUCED BY FUSIONING BALB/C SPLEEN CELLS WITH 2X63-AG 8.653 MOUSE MYELOMA CELLS. HUMAN CONSTANT REGIONS INTRODUCED BY HOMOLOGOUS RECOMBINATION. CL IS HUMAN KAPPA, CH1 IS HUMAN IGG1 DOMAIN.
断片: CL AND CH1 / 器官: SPLEEN / Cell (発現宿主): SPLEEN, MYELOMA / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): BALB/C, 2X63-AG 8.653 / 参照: UniProt: P01834
#2: 抗体 CHIMERIC HUMAN/MOUSE IGG FAB FRAGMENT BR96 / CBR96 FAB / IMMUNOGLOBULIN


分子量: 23609.449 Da / 分子数: 1
断片: MOUSE VH AND VL DOMAINS, HUMAN CL KAPPA AND CH1 IGG1 DOMAINS
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: MOUSE/HUMAN CHIMERA. MOUSE HYBRIDOMA PRODUCED BY FUSIONING BALB/C SPLEEN CELLS WITH 2X63-AG 8.653 MOUSE MYELOMA CELLS. HUMAN CONSTANT REGIONS INTRODUCED BY HOMOLOGOUS RECOMBINATION. CL IS ...解説: MOUSE/HUMAN CHIMERA. MOUSE HYBRIDOMA PRODUCED BY FUSIONING BALB/C SPLEEN CELLS WITH 2X63-AG 8.653 MOUSE MYELOMA CELLS. HUMAN CONSTANT REGIONS INTRODUCED BY HOMOLOGOUS RECOMBINATION. CL IS HUMAN KAPPA, CH1 IS HUMAN IGG1 DOMAIN.
断片: CL AND CH1 / 器官: SPLEEN / Cell (発現宿主): SPLEEN, MYELOMA / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): BALB/C, 2X63-AG 8.653
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FAB LIGHT CHAIN (RESIDUES 1 - 214) HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR L. THE FAB HEAVY CHAIN ...THE FAB LIGHT CHAIN (RESIDUES 1 - 214) HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR L. THE FAB HEAVY CHAIN (RESIDUES 1 - 227) HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR H. THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT (E.A. KABAT, T.T. WU, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN, C. FOELLER SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5TH ED.,. (1991), NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA, MD.).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 4.6
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.6), 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 15 % PEG 8000.
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein11
210 mMimidazole-HCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年3月1日 / 詳細: MIRROR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→36 Å / Num. obs: 14826 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.8 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 65
反射
*PLUS
Num. measured all: 29571
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.53 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 65 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
BRUTEモデル構築
MERLOT位相決定
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
BRUTE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FV OF 1CLZ WITH CDRS REMOVED 1CLY (HUMAN IGG1, HUMAN KAPPA) AND OF 1CLZ (MOUSE IGG3, MOUSE KAPPA)

1clz

1cly

1clz


解像度: 2.5→8 Å / 交差検証法: EX POST FACTO / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 -10 %
Rwork0.2 --
obs0.2 13731 87 %
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3333 0 45 0 3378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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