PDB-1u6f: NMR solution structure of TcUBP1, a single RBD-unit from Trypanos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u6f

タイトル

NMR solution structure of TcUBP1, a single RBD-unit from Trypanosoma cruzi

要素

RNA-binding protein UBP1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / trypanosome / TcUBP1 / mRNA-binding protein / GU-rich RNA

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Volpon, L. / D'orso, I. / Frasch, A. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: NMR Structural Study of TcUBP1, a Single RRM Domain Protein from Trypanosoma cruzi: Contribution of a beta Hairpin to RNA Binding
著者: Volpon, L. / D'Orso, I. / Young, C.R. / Frasch, A. / Gehring, K.

履歴

登録	2004年7月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u6f.cif.gz	848.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u6f.ent.gz	709.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1u6f_validation.pdf.gz	343.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1u6f_full_validation.pdf.gz	530.1 KB	表示
XML形式データ	1u6f_validation.xml.gz	67.4 KB	表示
CIF形式データ	1u6f_validation.cif.gz	85.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/1u6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/1u6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6jgv-d 3dlq-d 3tau-d 1gyw-d 4aby-1 3w3c-d 1tn2-d 4yyn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA-binding protein UBP1

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	RNA-binding protein UBP1 / TcUBP1 分子量: 15427.367 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-139 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: Tcubp-1 / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q967R0

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	2	2D NOESY
1	3	2	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.5 mM TcUBP1 (GQ), 50 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM DTT and 1 mM NaN3, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1.5 mM TcUBP1 (GQ), 50 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, 1 mM DTT and 1 mM NaN3, 100% D2O	100% D2O

試料状態

イオン強度: 50 mM NaCl / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.1	Bruker	collection
Gifa	4	Marc-Andr Delsuc	解析
XEASY	1.3.13	Bartels	データ解析
TALOS	2003.027.13.05	Bax	精密化
ARIA	1.1	Nilges	構造決定
CNS	1.1	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1545 restraints: 1369 are NOE-derived distance constraints, 122 are dihedral angle restraints and 54 are distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)