[日本語] English
万見
- PDB-1u5i: Crystal Structure analysis of rat m-calpain mutant Lys10 Thr -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u5i
タイトルCrystal Structure analysis of rat m-calpain mutant Lys10 Thr
要素
  • Calpain 2, large [catalytic] subunit precursor
  • Calpain small subunit 1
キーワードHYDROLASE / calpain / sulfhydryl protease
機能・相同性
機能・相同性情報


calpain-2 / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / perinuclear endoplasmic reticulum / myoblast fusion / regulation of interleukin-6 production / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process ...calpain-2 / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / calpain complex / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / perinuclear endoplasmic reticulum / myoblast fusion / regulation of interleukin-6 production / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / behavioral response to pain / pseudopodium / blastocyst development / protein autoprocessing / cellular response to interferon-beta / response to mechanical stimulus / cytoskeletal protein binding / proteolysis involved in protein catabolic process / cell projection / female pregnancy / cellular response to amino acid stimulus / protein catabolic process / response to hydrogen peroxide / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / lysosome / response to hypoxia / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / neuronal cell body / calcium ion binding / dendrite / protein-containing complex binding / chromatin / Golgi apparatus / enzyme binding / endoplasmic reticulum / proteolysis / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CAPN2, penta-EF hand, calcium binding motif / Calpain subdomain III / Jelly Rolls - #380 / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain ...CAPN2, penta-EF hand, calcium binding motif / Calpain subdomain III / Jelly Rolls - #380 / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. / EF-hand domain pair / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calpain-2 catalytic subunit / Calpain small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Hosfield, C.M. / Pal, G.P. / Elce, J.S. / Jia, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Activation of calpain by Ca2+: roles of the large subunit N-terminal and domain III-IV linker peptides
著者: Hosfield, C.M. / Elce, J.S. / Jia, Z.
履歴
登録2004年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Calpain 2, large [catalytic] subunit precursor
B: Calpain small subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2712
ポリマ－101,2712
非ポリマー00
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.658, 156.520, 64.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Calpain 2, large [catalytic] subunit precursor / m-calpain large subunit


分子量: 79965.961 Da / 分子数: 1 / 変異: K10T, C105S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07009, calpain-2
#2: タンパク質 Calpain small subunit 1 / m-calpain small subunit


分子量: 21304.979 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64537
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG 6000, MES, sodium chloride, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5412 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月30日 / 詳細: Osmic
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5412 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→25 Å / Num. all: 27000 / Num. obs: 25795 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.63→2.7 Å / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.86→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 13.288 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28333 1373 5.1 %RANDOM
Rwork0.19144 ---
obs0.19605 25795 90.09 %-
all-27000 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.171 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.25 Å20 Å20.31 Å2
2--3.82 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6407 0 0 299 6706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0640.0216519
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.025806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.8911.9478786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.792313501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5435790
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2530.2940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.027269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0320.021387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3190.22227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3010.28119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1330.24182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2930.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2960.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3090.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4921.53951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.32926316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.07532568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.2354.52470
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.698 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.432 81
Rwork0.301 1907

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る