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- PDB-1u3n: A SOD-like protein from B. subtilis, unstructured in solution, be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u3n
タイトルA SOD-like protein from B. subtilis, unstructured in solution, becomes ordered in the crystal: implications for function and for fibrillogenesis
要素Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SOD-like / Bacillus subtilis / BsSOD / solution structure / NMR / Metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase-like protein YojM
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / the structure of SOD-like from bacillus subtilis was determined using triple resonance three-, bi-dimensional, homonuclear bi-dimensional NMR technique
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Calderone, V. / Cramaro, F. / Del Conte, R. / Fantoni, A. / Mangani, S. / Quattrone, A. / Viezzoli, M.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: A prokaryotic superoxide dismutase paralog lacking two Cu ligands: from largely unstructured in solution to ordered in the crystal.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Calderone, V. / Cramaro, F. / Del Conte, R. / Fantoni, A. / Mangani, S. / Quattrone, A. / Viezzoli, M.S.
履歴
登録2004年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2511
ポリマ－17,2511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / -target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical superoxide dismutase-like protein yojM


分子量: 17251.041 Da / 分子数: 1 / 断片: SOD-like / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: YOJM, BSU19400 / プラスミド: pPMSOD159 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP1 / 参照: UniProt: O31851

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
112CBCANH, CBCA(CO)NH, HNCO, HN(CA)CO, CCC(CO)NH, 13C-HSQC, H(C)CH-TOCSY, (H)CCH-TOCSY, 13C-NOESY-HSQC
12115N-HSQC, 15N-CLEANEX, HNHA, HNHB, 15N-HSQC-NOESY, NOESY
NMR実験の詳細Text: the structure of SOD-like from bacillus subtilis was determined using triple resonance three- and bi-dimensional and homonuclear bi-dimensional NMR technique

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
115N labelled BsSOD about 1.5mMH2O with 10% D2O
215N, 13C labelled BsSOD about 1.5mMH2O wiht 10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
17.41 atm298 K
27.41 atm284 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7004

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解析

NMR software
名称分類
CALIBAデータ解析
DYANA精密化
XwinNMRcollection
PROCHECKデータ解析
精密化手法: the structure of SOD-like from bacillus subtilis was determined using triple resonance three-, bi-dimensional, homonuclear bi-dimensional NMR technique
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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