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万見
- PDB-1u0i: IAAL-E3/K3 heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u0i
タイトルIAAL-E3/K3 heterodimer
要素
  • IAAL-E3
  • IAAL-K3
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled-coil
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, CHEMICAL-SHIFT AUTO -ASSIGNMENT, DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Lindhout, D.A. / Litowski, J.R. / Mercier, P. / Hodges, R.S. / Sykes, B.D.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2004
タイトル: NMR solution structure of a highly stable de novo heterodimeric coiled-coil
著者: Lindhout, D.A. / Litowski, J.R. / Mercier, P. / Hodges, R.S. / Sykes, B.D.
履歴
登録2004年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IAAL-E3
B: IAAL-K3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5722
ポリマ－4,5722
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド IAAL-E3


分子量: 2285.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized using t-butyloxycarbonyl solid-phase technique
#2: タンパク質・ペプチド IAAL-K3


分子量: 2285.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized using t-butyloxycarbonyl solid-phase technique

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1MM IAAL-E3/K3 COILED-COIL, NA-15N, PH 6.7, 100MM KCL, 50MM KPO4,90%/10% H2O/D2O, 23.1% TFE-D3
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.7 / 圧: AMBIENT / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY5001
Varian UNITYVarianUNITY8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1GUNTERT精密化
CYANA1GUNTERT構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, CHEMICAL-SHIFT AUTO -ASSIGNMENT, DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: SOFTWARE USED WAS CYANA AND ITS INTEGRATED AUTO-ASSIGNMENT MODULE CANDID. THE CHEMICAL SHIFT IDENTIFICATION TOLERANCE AND TRANSPOSE ERRORS WERE SET TO 0.015 PPM IN BOTH PROTON DIMENSIONS. ...詳細: SOFTWARE USED WAS CYANA AND ITS INTEGRATED AUTO-ASSIGNMENT MODULE CANDID. THE CHEMICAL SHIFT IDENTIFICATION TOLERANCE AND TRANSPOSE ERRORS WERE SET TO 0.015 PPM IN BOTH PROTON DIMENSIONS. STARTING WITH DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM MANUALLY ASSIGNED NOE CROSS-PEAKS IN NMRVIEW, A TOTAL NUMBER OF 100 STRUCTURES WERE GENERATED PER CANDID ROUND WITH 8000 STEPS IN THE CYANA ANNEALING PROTOCOL. FOR EACH CANDID RUN, TALOS DERIVED ANGLE RESTRAINTS WERE INCORPORATED (WITH A MINIMUM ERROR SET MANUALLY TO 20 DEGREES) . THE BEST 20 LOW TARGET FUNCTION VALUE STRUCTURES OF CANDIDS FINAL ROUND WERE KEPT AS AN ENSEMBLE REPRESENTATION OF THE FAMILY OF GENERATED STRUCTURES.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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