PDB-1k81: NMR Structure of the Zinc-Ribbon Domain within Translation Initia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1k81

タイトル

NMR Structure of the Zinc-Ribbon Domain within Translation Initiation Factor 2 Subunit beta

要素

PROBABLE TRANSLATION INITIATION FACTOR 2 BETA SUBUNIT

キーワード

TRANSLATION / translation initiation factor / zinc ribbon

機能・相同性

Translation initiation factor 2, beta subunit / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / translation initiation factor activity / Translation initiation factor 2 subunit beta

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Cho, S. / Hoffman, D.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structure of the beta Subunit of Translation Initiation Factor 2 from the Archaeon Methanococcus jannaschii: A Representative of the eIF2beta/eIF5 Family of Proteins
著者: Cho, S. / Hoffman, D.W.

履歴

登録	2001年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1k81.cif.gz	122.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1k81.ent.gz	98.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1k81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/1k81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/1k81	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1k8bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xue-d 1d9r-d 108d-d 1i3y-d 1ppt-d 2bf9-d 5mfm-8 2fk3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROBABLE TRANSLATION INITIATION FACTOR 2 BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

4.13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 170	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	PROBABLE TRANSLATION INITIATION FACTOR 2 BETA SUBUNIT / EIF-2-BETA 分子量: 4062.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57562
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#1: タンパク質・ペプチド

PROBABLE TRANSLATION INITIATION FACTOR 2 BETA SUBUNIT / EIF-2-BETA

分子量: 4062.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57562

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	3D 15N-separated ROESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D and 3D heteronuclear NMR techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM aIF2 beta U-15N,13C; 10 mM phosphate buffer / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 50 mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software	名称: CNS / バージョン: 1 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 170 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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