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万見
- PDB-1u0a: Crystal structure of the engineered beta-1,3-1,4-endoglucanase H(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u0a
タイトルCrystal structure of the engineered beta-1,3-1,4-endoglucanase H(A16-M) in complex with beta-glucan tetrasaccharide
要素Beta-glucanase
キーワードHYDROLASE / 1 / 3-1 / 4-beta-glucanase / protein-carbohydrate interaction / active-site variant / jellyroll architecture
機能・相同性
機能・相同性情報


licheninase activity / licheninase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-glucanase/XTH / Beta-glucanase / Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Beta-glucanase/XTH / Beta-glucanase / Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Paenibacillus macerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Gaiser, O.J. / Piotukh, K. / Ponnuswamy, M.N. / Planas, A. / Borriss, R. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Basis for the Substrate Specificity of a Bacillus 1,3-1,4-beta-Glucanase
著者: Gaiser, O.J. / Piotukh, K. / Ponnuswamy, M.N. / Planas, A. / Borriss, R. / Heinemann, U.
履歴
登録2004年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_remark / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE The 16 N-terminal residues of the sequence are derived from Bacillus amyloliquefaciens.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucanase
B: Beta-glucanase
C: Beta-glucanase
D: Beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,75615
ポリマ－95,7334
非ポリマー3,02311
水28,7521596
1
A: Beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7715
ポリマ－23,9331
非ポリマー8374
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7054
ポリマ－23,9331
非ポリマー7723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6403
ポリマ－23,9331
非ポリマー7072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Beta-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6403
ポリマ－23,9331
非ポリマー7072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area35950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.769, 88.758, 154.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Beta-glucanase / endo-1 / 3-1 / 4-beta-D-glucan 4-glucanohydrolase / beta-1 / 3-1 / 4-endoglucanase / Endo-beta-1 / ...endo-1 / 3-1 / 4-beta-D-glucan 4-glucanohydrolase / beta-1 / 3-1 / 4-endoglucanase / Endo-beta-1 / 3-1 / 4 glucanase / Lichenase


分子量: 23933.260 Da / 分子数: 4 / 変異: E105Q, E109Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus macerans (バクテリア)
プラスミド: pTZ19R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P23904, licheninase
#2: 多糖
beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a3-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 25% (v/v) PEG Monomethyl Ether 550, 0.01 M Zinc Sulfate heptahydrate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8337
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8337 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→34.46 Å / Num. obs: 118568 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.057
反射 シェル解像度: 1.64→1.65 Å / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YAH

2yah


解像度: 1.64→34.46 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 8310 7 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.164 118568 92.5 %-
all-118568 --
原子変位パラメータBiso mean: 15.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→34.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6788 0 187 1596 8571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.6591.933
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.0882
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.6853
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.2522
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.9013
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0060.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1530.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd5.1153
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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