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万見
- PDB-1tzi: Crystal Structure of the Fab YADS2 Complexed with h-VEGF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tzi
タイトルCrystal Structure of the Fab YADS2 Complexed with h-VEGF
要素
  • Fab YADS2 Heavy Chain
  • Fab YADS2 Light Chain
  • Vascular endothelial growth factor A
キーワードIMMUNE SYSTEM / phage display / antibody library / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / VEGF ligand-receptor interactions / vascular endothelial growth factor receptor binding / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood-brain barrier permeability / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / lung vasculature development / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / eye photoreceptor cell development / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of epithelial tube formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / motor neuron migration / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of protein localization to early endosome / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / camera-type eye morphogenesis / tube formation / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / positive regulation of vascular permeability / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cardiac muscle cell development / epithelial cell maturation / positive regulation of positive chemotaxis / sprouting angiogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / endothelial cell proliferation / positive regulation of leukocyte migration / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / artery morphogenesis / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in blood vessel morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / positive chemotaxis / positive regulation of neuroblast proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of focal adhesion assembly / outflow tract morphogenesis / monocyte differentiation / positive regulation of cell division / fibronectin binding / macrophage differentiation / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / mammary gland alveolus development / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vasculogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / positive regulation of protein autophosphorylation / epithelial cell differentiation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fellouse, F.A. / Wiesmann, C. / Sidhu, S.S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Synthetic antibodies from a four-amino-acid code: A dominant role for tyrosine in antigen recognition
著者: Fellouse, F.A. / Wiesmann, C. / Sidhu, S.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Phage-displayed antibody libraries of synthetic heavy chain complementarity determining regions
著者: Sidhu, S.S. / Li, B. / Chen, Y. / Fellouse, F.A. / Eigenbrot, C. / Fuh, G.
履歴
登録2004年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS INFORMED THAT THE SEQUENCES OF Fab YADS2 Light Chain and Fab YADS2 heavy Chain ...SEQUENCE THE AUTHORS INFORMED THAT THE SEQUENCES OF Fab YADS2 Light Chain and Fab YADS2 heavy Chain are not yet available in any reference sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab YADS2 Light Chain
B: Fab YADS2 Heavy Chain
V: Vascular endothelial growth factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7133
ポリマ－58,7133
非ポリマー00
水00
1
A: Fab YADS2 Light Chain
B: Fab YADS2 Heavy Chain
V: Vascular endothelial growth factor A

A: Fab YADS2 Light Chain
B: Fab YADS2 Heavy Chain
V: Vascular endothelial growth factor A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4256
ポリマ－117,4256
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)96.504, 149.588, 117.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細For VEGF, the biological assembly corresponds to two copies of chain V, related by a two fold symetry and physically linked by a disulfide bridge. The Fab VEGF complex, the biological assembly corresponds to all chains, related by a two fold symetry.

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要素

#1: 抗体 Fab YADS2 Light Chain


分子量: 23387.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: F0771-B6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 16C9
#2: 抗体 Fab YADS2 Heavy Chain


分子量: 23376.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: F0771-B6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 16C9
#3: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF / h-vegf


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGF, VEGFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: LITHIUM CHLORIDE, PEG 6000, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月28日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 21429 / Num. obs: 20861 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 83.2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2110 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 82.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The VEGF is from pdb entry 1VPF. The Fab is from an in-house determined structure.

1vpf


解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 16.331 / SU ML: 0.299 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.685 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25447 1023 4.9 %RANDOM
Rwork0.21786 ---
all0.2197 21229 --
obs0.2197 19702 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.87 Å20 Å20 Å2
2--1.62 Å20 Å2
3---7.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4077 0 0 0 4077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0214180
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3341.9525685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94538459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5925530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2240.24141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22582
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3420.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2080.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2112.52656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.23154294
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8692.51524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.69651391
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.857 Å / Total num. of bins used: 25 /
Rfactor反射数
Rfree0.312 50
Rwork0.301 965
obs-965
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.50560.3282-1.29433.73840.13171.06250.3033-0.9396-0.6390.5326-0.4492-0.53690.16740.12180.14590.3291-0.1912-0.08650.27850.15650.354141.467341.763816.5588
26.08871.6787-1.00765.94770.76411.2189-0.1119-0.7766-0.3798-0.24690.2676-0.18740.19940.8518-0.15560.16360.0865-0.09480.45-0.02110.279875.062950.97243.8372
36.8212.57210.55395.19790.76611.34790.4906-0.36580.31560.2345-0.50140.4575-0.07040.00940.01090.3471-0.07320.11230.2617-0.1080.069636.651763.087210.9753
44.1881-0.3574-1.63834.54812.56022.80930.02450.0944-0.1535-0.3304-0.04250.2049-0.14790.22740.0180.29340.0806-0.08670.2058-0.02820.246864.203956.9371-5.8362
56.34230.8842-5.44270.5995-1.18586.3566-0.2306-1.0282-0.8947-0.0424-0.17530.07150.12041.16450.40580.02390.08190.00130.49730.13280.30851.052553.281737.3582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1091 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2AA110 - 213110 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 1211 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4BB122 - 215129 - 222
5X-RAY DIFFRACTION5VC13 - 1096 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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