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- PDB-1tys: WATER-MEDIATED SUBSTRATE(SLASH)PRODUCT DISCRIMINATION: THE PRODUC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tys
タイトルWATER-MEDIATED SUBSTRATE(SLASH)PRODUCT DISCRIMINATION: THE PRODUCT COMPLEX OF THYMIDYLATE SYNTHASE AT 1.83 ANGSTROMS
要素THYMIDYLATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding ...thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFOLIC ACID / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fauman, E. / Rutenber, E. / Stroud, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Water-mediated substrate/product discrimination: the product complex of thymidylate synthase at 1.83 A.
著者: Fauman, E.B. / Rutenber, E.E. / Maley, G.F. / Maley, F. / Stroud, R.M.
履歴
登録1993年5月7日処理サイト: BNL
改定 1.01994年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3093
ポリマ－30,5441
非ポリマー7662
水2,954164
1
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6186
ポリマ－61,0872
非ポリマー1,5314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area7960 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.970, 71.970, 115.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: RESIDUE CXM 1 IS A FORMATE GROUP BOUND TO N ATOM OF METHIONINE.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-760-

HOH

21A-809-

HOH

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要素

#1: タンパク質 THYMIDYLATE SYNTHASE


分子量: 30543.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00470, UniProt: P0A884*PLUS, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-DHF / DIHYDROFOLIC ACID


分子量: 443.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N7O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUE CXM 1 IS A FORMATE GROUP BOUND TO N ATOM OF METHIONINE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID化学式Sol-ID
1020 M1KPO4reservoir
120 mM1KPO4drop
53.8 mM1MgCl2drop
21.5 mg/mLTS C198(146)S1drop
31.9 mMH2folate1drop
81.25 M1(NH4)2SO4drop
45.8 mMdTMP1drop
92.5 M1(NH4)2SO4reservoir
63.8 mMdithiothreitol1drop
70.05 mMdisodium ethylenediaminetetraacetic acid1drop

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 30830
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 30830 / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / Num. possible: 4845 / Num. unique obs: 3117 / Rmerge(I) obs: 0.312

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.8→7 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.183 -
obs0.183 30830
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2153 0 53 164 2370
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 30830 / Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rwork: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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