[日本語] English
万見
- PDB-1txg: Structure of glycerol-3-phosphate dehydrogenase from Archaeoglobu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1txg
タイトルStructure of glycerol-3-phosphate dehydrogenase from Archaeoglobus fulgidus
要素glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) activity / glycerol-3-phosphate biosynthetic process / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerophospholipid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / NAD binding / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / NADP(+)-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sakasegawa, S. / Hagemeier, C.H. / Thauer, R.K. / Essen, L.O. / Shima, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Structural and functional analysis of the gpsA gene product of Archaeoglobus fulgidus: A glycerol-3-phosphate dehydrogenase with an unusual NADP+ preference
著者: Sakasegawa, S. / Hagemeier, C.H. / Thauer, R.K. / Essen, L.O. / Shima, S.
履歴
登録2004年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年3月1日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_validate_close_contact ...database_2 / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
B: glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,62113
ポリマ－73,6512
非ポリマー97111
水13,565753
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area25390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.223, 67.586, 81.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 335 / Label seq-ID: 1 - 335

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The dimer in the asymmetric unit is the biological assembly

-
要素

#1: タンパク質 glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] / NADP / H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 36825.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: pEGPD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: O29390, glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulfate, dioxane, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 282K

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→17 Å / Num. obs: 63641

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.7→16.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.995 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1938 3438 5.1 %RANDOM
Rwork0.14931 ---
obs0.1515 63641 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.086 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å2-0.42 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→16.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5172 0 53 753 5978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0225314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.9857180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.894311714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2095668
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.26039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23096
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3660.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.991.53310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84425340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1432004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9584.51840
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5118 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.525
loose thermal2.7210
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.292 241
Rwork0.232 4391

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る