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- PDB-1txd: Crystal Structure of the DH/PH domains of Leukemia-associated RhoGEF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1txd
タイトルCrystal Structure of the DH/PH domains of Leukemia-associated RhoGEF
要素Rho guanine nucleotide exchange factor 12
キーワードSIGNALING PROTEIN / helical bundle (DH) / beta sandwich (PH)
機能・相同性
機能・相同性情報


Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Rho protein signal transduction / GTPase activator activity ...Rho-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / Rho protein signal transduction / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G alpha (12/13) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular exosome / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ARHGEF12, PH domain / LARG, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. ...ARHGEF12, PH domain / LARG, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Kristelly, R. / Gao, G. / Tesmer, J.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural determinants of RhoA binding and nucleotide exchange in leukemia-associated Rho guanine-nucleotide exchange factor.
著者: Kristelly, R. / Gao, G. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2004年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE In the GB (accession code BAA20836), it clearly shows that 973 is a PHE, not TYR.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6941
ポリマ－44,6941
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)193.606, 45.859, 74.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 12 / Leukemia-associated RhoGEF


分子量: 44694.293 Da / 分子数: 1 / 断片: DH/PH domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF12, LARG, KIAA0382 / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9NZN5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350, sodium chloride, sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月21日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si (111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 36990 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): -1 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.13→2.21 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.13→24.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.137 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -1 / σ(I): -1 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27433 1883 5 %RANDOM
Rwork0.2348 ---
obs0.23676 35784 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.256 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20.62 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2881 0 0 91 2972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222922
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.9663937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82436410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3415348
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.23036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21836
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2130.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.30221760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11432863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14231162
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.31141074
LS精密化 シェル最高解像度: 2.13 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.333 115
Rwork0.316 2315
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7372-0.0003-0.85222.91691.92434.072-0.03960.12040.0056-0.4201-0.0922-0.06640.2446-0.09530.13180.11960.0549-0.05660.10360.01760.075240.286629.904916.2992
225.92840.987-2.141-0.27680.40264.6215-0.7018-0.01021.54450.69011.0275-0.1524-0.1348-0.238-0.32570.0153-0.00170.05110.3296-0.05370.20524.586544.365934.8649
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB1 - 921 - 91
2X-RAY DIFFRACTION1AA766 - 9863 - 223
3X-RAY DIFFRACTION2AA987 - 1138224 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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