PDB-1twq: Crystal structure of the C-terminal PGN-binding domain of human P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1twq

タイトル

Crystal structure of the C-terminal PGN-binding domain of human PGRP-Ialpha in complex with PGN analog muramyl tripeptide

要素

muramyl tripeptide
peptidoglycan recognition protein-I-alpha

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN / crystal structure / complex / PGRP / PGRP-Ialpha / PGN analog

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of natural killer cell differentiation involved in immune response / peptidoglycan immune receptor activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / biological process involved in interaction with host / peptidoglycan binding / Antimicrobial peptides / negative regulation of type II interferon production / detection of bacterium / peptidoglycan catabolic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Guan, R. / Roychowdury, A. / Boons, G.-A. / Mariuzza, R.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structural basis for peptidoglycan binding by peptidoglycan recognition proteins
著者: Guan, R. / Roychowdhury, A. / Ember, B. / Kumar, S. / Boons, G.-A. / Mariuzza, R.A.

履歴

登録	2004年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_polymer_linkage / software
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 3.0	2024年2月28日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _database_PDB_caveat.text / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1twq.cif.gz	49.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1twq.ent.gz	33.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1twq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1twq_validation.pdf.gz	765.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1twq_full_validation.pdf.gz	768.2 KB	表示
XML形式データ	1twq_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	1twq_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/1twq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/1twq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sk3S 1sk4 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2aph-2 4in0-2 4zsc-d 5gzd-d 3gix-3 6lfr-d 4ipz-d 1zvx-d 1urm-d 4i4u-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: peptidoglycan recognition protein-I-alpha

P: muramyl tripeptide

ヘテロ分子

19 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.511, 104.511, 42.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Cell setting	trigonal
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1016- HOH

詳細

it is a monomer and there is only one molecule in the asymmetric unit

#1: タンパク質

peptidoglycan recognition protein-I-alpha

分子量: 18271.795 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: complexed with PGN fragment (AMU)A(GMA)K(NH2) / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGLYRP3, PGRPIA / プラスミド: pT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96LB9

#2: タンパク質・ペプチド

muramyl tripeptide

分子量: 344.409 Da / 分子数: 1 / 断片: PGN fragment / 由来タイプ: 合成
詳細: the muramyl tripeptide exists in all baterial peptidoglycans
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#3: 化合物

ChemComp-NI / NICKEL (II) ION

分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

#4: 糖

ChemComp-AMU / N-acetyl-beta-muramic acid / N-acetyl-muramic acid / BETA-N-ACETYLMURAMIC ACID

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 293.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₈

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG MME 2000, Nickel sulfate, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月4日
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→26.54 Å / Num. all: 11464 / Num. obs: 11464 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.43 % / B_iso Wilson estimate: 27.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.08 % / R_merge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1096 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
CrystalClear		データ削減
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1SK3

1sk3

解像度: 2.3→26.54 Å / R_factor R_free error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1059174.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	592	5.2 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
all	0.2221	11464	-	-
obs	0.2221	11464	95.7 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 36.9163 Å² / k_sol: 0.3328 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.28 Å²	3.78 Å²	0 Å²
2-	-	1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.55 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.37 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.39 Å	0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1329	0	1	48	1378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.85

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / R_factor R_free error: 0.032 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	93	5 %
R_work	0.285	1751	-
obs	-	-	93.5 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	MTP.PAR
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION	4	ION.PARAM

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