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- PDB-1tw3: Crystal structure of Carminomycin-4-O-methyltransferase (DnrK) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tw3
タイトルCrystal structure of Carminomycin-4-O-methyltransferase (DnrK) in complex with S-adenosyl-L-homocystein (SAH) and 4-methoxy-e-rhodomycin T (M-ET)
要素Carminomycin 4-O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Anthracycline / methyltransferase / methylate / Streptomyces / tailoring enzyme / polyketide / S-adenosyl-L-homocystein
機能・相同性
機能・相同性情報


carminomycin 4-O-methyltransferase / daunorubicin biosynthetic process / O-methyltransferase activity / methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1350 / Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #1350 / Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ERT / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces peucetius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Jansson, A. / Koskiniemi, H. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a ternary complex of DnrK, a methyltransferase in daunorubicin biosynthesis, with bound products
著者: Jansson, A. / Koskiniemi, H. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.
履歴
登録2004年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carminomycin 4-O-methyltransferase
B: Carminomycin 4-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2496
ポリマ－78,2812
非ポリマー1,9684
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area26040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.690, 53.134, 83.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Carminomycin 4-O-methyltransferase / COMT


分子量: 39140.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア)
遺伝子: dnrk / プラスミド: pGEX4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q06528, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-ERT / METHYL (4R)-2-ETHYL-2,5,12-TRIHYDROXY-7-METHOXY-6,11-DIOXO-4-{[2,3,6-TRIDEOXY-3-(DIMETHYLAMINO)-BETA-D-RIBO-HEXOPYRANOSYL]OXY}-1H,2H,3H,4H,6H,11H-TETRACENE-1-CARBOXYLATE / 4-METHOXY-E-RHODOMYCIN T / 4-メトキシ-ε-ロドマイシンT


分子量: 599.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H37NO11
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulphate, MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.09 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.09 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→35 Å / Num. all: 41714 / Num. obs: 41714 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.214 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RdmB+SAM+DbrA complex

解像度: 2.35→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 6.408 / SU ML: 0.157 / Isotropic thermal model: Isotropic B-factors for each atom / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24384 1829 5.1 %RANDOM
Rwork0.1933 ---
obs0.19593 33956 95.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.24 Å20 Å20.32 Å2
2--1.59 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5254 0 138 350 5742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0215505
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.9967526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.024311842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9635678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2330.26210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.23398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2220.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2390.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4651.53401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91425456
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45332104
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5114.52070
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.288 136
Rwork0.201 2559

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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