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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tvr | ||||||
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タイトル | HIV-1 RT/9-CL TIBO | ||||||
要素 | (REVERSE TRANSCRIPTASE) x 2 | ||||||
キーワード | ASPARTYL PROTEASE / AIDS / POLYPROTEIN / HYDROLASE / ENDONUCLEASE / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / 3HIV-1 RT/9-CL TIBO | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Arnold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystal structures of 8-Cl and 9-Cl TIBO complexed with wild-type HIV-1 RT and 8-Cl TIBO complexed with the Tyr181Cys HIV-1 RT drug-resistant mutant. 著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / ...著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Jr., A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Jr., R.H. / Kroeger Smith, M.B. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #1: ジャーナル: Drug Des.Discovery / 年: 1996 タイトル: Targeting HIV Reverse Transcriptase for Anti-Aids Drug Design: Structural and Biological Considerations for Chemotherapeutic Strategies 著者: Arnold, E. / Das, K. / Ding, J. / Yadav, P.N. / Hsiou, Y. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Structure of Unliganded HIV-1 Reverse Transcriptase at 2.7 A Resolution: Implications of Conformational Changes for Polymerization and Inhibition Mechanisms 著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark Junior, A.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #3: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Non-Nucleoside Inhibitor Alpha-Apa R 95845 at 2.8 A Resolution 著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / al., et #4: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors 著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Locations of Anti-Aids Drug Binding Sites and Resistance Mutations in the Three-Dimensional Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase. Implications for Mechanisms of Drug Inhibition and Resistance 著者: Tantillo, C. / Ding, J. / Jacobo-Molina, A. / Nanni, R.G. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Pauwels, R. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Arnold, E. #6: ジャーナル: J.Mol.Recog. / 年: 1994 タイトル: Buried Surface Analysis of HIV-1 Reverse Transcriptase P66/P51 Heterodimer and its Interaction with DsDNA Template/Primer 著者: Ding, J. / Jacobo-Molina, A. / Tantillo, C. / Lu, X. / Nanni, R.G. / Arnold, E. #7: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase Complexed with Double-Stranded DNA at 3.0 A Resolution Shows Bent DNA 著者: Jacobo-Molina, A. / Ding, J. / Nanni, R.G. / Clark Junior, A.D. / Lu, X. / Tantillo, C. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Ferris, A.L. / Clark, P. / al., et | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tvr.cif.gz | 204.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tvr.ent.gz | 162.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tvr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tvr_validation.pdf.gz | 702 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tvr_full_validation.pdf.gz | 795.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tvr_validation.xml.gz | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tvr_validation.cif.gz | 48.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/1tvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/1tvr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64274.652 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (CLONE 12) (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / 株: BH10 解説: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (HIV-1) SUBCLONED FROM BH10 ISOLATE. EXPRESSED AND PROCESSED BY BACTERIAL ESCHERICHIA COLI. REF. A.HIZI, ET AL., (1988) PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85, 1218- ...解説: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (HIV-1) SUBCLONED FROM BH10 ISOLATE. EXPRESSED AND PROCESSED BY BACTERIAL ESCHERICHIA COLI. REF. A.HIZI, ET AL., (1988) PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85, 1218-1222. REF. P.K.CLARK, ET AL., (1990) AIDS RES. HUM. RETROVIRUSES 6, 753-764. 細胞株: 293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49911.359 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (CLONE 12) (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / 株: BH10 解説: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (HIV-1) SUBCLONED FROM BH10 ISOLATE. EXPRESSED AND PROCESSED BY BACTERIAL ESCHERICHIA COLI. REF. A.HIZI, ET AL., (1988) PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85, 1218- ...解説: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (HIV-1) SUBCLONED FROM BH10 ISOLATE. EXPRESSED AND PROCESSED BY BACTERIAL ESCHERICHIA COLI. REF. A.HIZI, ET AL., (1988) PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85, 1218-1222. REF. P.K.CLARK, ET AL., (1990) AIDS RES. HUM. RETROVIRUSES 6, 753-764. 細胞株: 293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
#3: 化合物 | ChemComp-TB9 / |
構成要素の詳細 | HIV-1 RT IS COMPOSED OF TWO SUBUNITS OF 66 KDA AND 51 KDA, DESIGNATED AS P66 AND P51, RESPECTIVELY. ...HIV-1 RT IS COMPOSED OF TWO SUBUNITS OF 66 KDA AND 51 KDA, DESIGNATED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Clark, A.D., (1995) Methods Enzymol., 262, 171. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 |
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検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1994年11月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 26209 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.16 % / Rmerge(I) obs: 0.064 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 56695 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→10 Å / σ(F): 2 /
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |