intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle B / left/right axis specification / ciliary tip / Intraflagellar transport / smoothened signaling pathway / cilium assembly / lung development / kidney development / skeletal system development ...intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle B / left/right axis specification / ciliary tip / Intraflagellar transport / smoothened signaling pathway / cilium assembly / lung development / kidney development / skeletal system development / cilium / protein transport / heart development / spermatogenesis / cell differentiation / centrosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
Intraflagellar transport protein 25 / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
SAMARIUM (III) ION / Intraflagellar transport protein 25 homolog 類似検索 - 構成要素
生物種
Homo sapiens (ヒト)
手法
X線回折 / シンクロトロン / SAD for Sm derivative / 解像度: 1.6 Å
分子量: 17442.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: This protein is probably a mutant because ASP109 is deleted. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y547
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97896 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 48903 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.59 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 18.47
反射 シェル
解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / % possible all: 60
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1.1
精密化
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
SOLVE
位相決定
精密化
構造決定の手法: SAD for Sm derivative / 解像度: 1.6→29.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 488056.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1