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- PDB-1tu3: Crystal Structure of Rab5 complex with Rabaptin5 C-terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tu3
タイトルCrystal Structure of Rab5 complex with Rabaptin5 C-terminal Domain
要素
  • Rab GTPase binding effector protein 1
  • Ras-related protein Rab-5A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rab5 / Rabaptin5 / effector-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endosome size / cytoplasmic side of early endosome membrane / protein localization to ciliary membrane / synaptic vesicle recycling / amyloid-beta clearance by transcytosis / modulation by host of viral process / regulation of filopodium assembly / Golgi to plasma membrane transport / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly ...regulation of endosome size / cytoplasmic side of early endosome membrane / protein localization to ciliary membrane / synaptic vesicle recycling / amyloid-beta clearance by transcytosis / modulation by host of viral process / regulation of filopodium assembly / Golgi to plasma membrane transport / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / early endosome to late endosome transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / early phagosome / TBC/RABGAPs / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of exocytosis / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / endocytic vesicle / canonical Wnt signaling pathway / phagocytosis / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / ruffle / somatodendritic compartment / axon terminus / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / endomembrane system / GTPase activator activity / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / growth factor activity / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / terminal bouton / recycling endosome / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / GDP binding / synaptic vesicle / melanosome / protein transport / actin cytoskeleton / Clathrin-mediated endocytosis / G protein activity / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / early endosome membrane / membrane fusion / early endosome / endosome / endosome membrane / protein domain specific binding / membrane raft / axon / neuronal cell body / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / dendrite / GTP binding / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rabaptin / Rabaptin, GTPase-Rab5 binding domain / Rabaptin coiled-coil domain / Rabaptin / Rabaptin-like protein / Single helix bin / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases ...Rabaptin / Rabaptin, GTPase-Rab5 binding domain / Rabaptin coiled-coil domain / Rabaptin / Rabaptin-like protein / Single helix bin / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-5A / Rab GTPase-binding effector protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Zhu, G. / Zhai, P. / Liu, J. / Terzyan, S. / Li, G. / Zhang, X.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of Rab5-Rabaptin5 interaction in endocytosis
著者: Zhu, G. / Zhai, P. / Liu, J. / Terzyan, S. / Li, G. / Zhang, X.C.
履歴
登録2004年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-5A
B: Ras-related protein Rab-5A
C: Ras-related protein Rab-5A
D: Ras-related protein Rab-5A
E: Ras-related protein Rab-5A
F: Rab GTPase binding effector protein 1
G: Rab GTPase binding effector protein 1
H: Rab GTPase binding effector protein 1
I: Rab GTPase binding effector protein 1
J: Rab GTPase binding effector protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,70820
ポリマ－140,97510
非ポリマー2,73310
水4,107228
1
A: Ras-related protein Rab-5A
B: Ras-related protein Rab-5A
F: Rab GTPase binding effector protein 1
G: Rab GTPase binding effector protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4838
ポリマ－56,3904
非ポリマー1,0934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ras-related protein Rab-5A
D: Ras-related protein Rab-5A
H: Rab GTPase binding effector protein 1
I: Rab GTPase binding effector protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4838
ポリマ－56,3904
非ポリマー1,0934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Ras-related protein Rab-5A
J: Rab GTPase binding effector protein 1
ヘテロ分子

E: Ras-related protein Rab-5A
J: Rab GTPase binding effector protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4838
ポリマ－56,3904
非ポリマー1,0934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)112.4, 83.5, 144.9
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.2, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-5A


分子量: 19118.766 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB5A, RAB5 / プラスミド: pET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20339
#2: タンパク質
Rab GTPase binding effector protein 1 / Rabaptin-5 / Rabaptin-5alpha / Rabaptin-4


分子量: 9076.241 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABEP1, RABPT5, RABPT5A / プラスミド: pGEX6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15276
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG3350, ammonium bromide, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9186 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 54048 / Num. obs: 54048 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N6H

1n6h


解像度: 2.31→29.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 423796.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1035 2 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.222 51979 --
obs0.222 51979 90.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.6721 Å2 / ksol: 0.304902 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.45 Å20 Å27.42 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3----9.58 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.32 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8342 0 165 228 8735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.641.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.122.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 79 2.3 %
Rwork0.352 3321 -
obs--58.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2GNP.PARGNP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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