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- PDB-1trg: E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN SYMMETRIC COMPLEX WITH CB3717 AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1trg
タイトルE. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN SYMMETRIC COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP)
要素THYMIDYLATE SYNTHASE
キーワードMETHYLTRANSFERASE / SYMMETRIC TERNARY COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stout, T.J. / Sage, C.R. / Stroud, R.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The additivity of substrate fragments in enzyme-ligand binding.
著者: Stout, T.J. / Sage, C.R. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Water-Mediated Substrate/Product Discrimination: The Product Complex of Thymidylate Synthase at 1.83 A
著者: Fauman, E.B. / Rutenber, E.E. / Maley, G.F. / Maley, F. / Stroud, R.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structure, Multiple Site Binding, and Segmental Accommodation in Thymidylate Synthase on Binding Dump and an Anti-Folate
著者: Montfort, W.R. / Perry, K.M. / Fauman, E.B. / Finer-Moore, J.S. / Maley, G.F. / Hardy, L. / Maley, F. / Stroud, R.M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Erratum. Structure, Multiple Site Binding, and Segmental Accommodation in Thymidylate Synthase on Binding Dump and an Anti-Folate
著者: Montfort, W.R. / Perry, K.M. / Fauman, E.B. / Finer-Moore, J.S. / Maley, G.F. / Hardy, L. / Maley, F. / Stroud, R.M.
履歴
登録1998年5月21日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3293
ポリマ－30,5441
非ポリマー7862
水2,288127
1
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6596
ポリマ－61,0872
非ポリマー1,5714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area8340 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.960, 71.960, 115.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 THYMIDYLATE SYNTHASE


分子量: 30543.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: X2913 / 遺伝子: THYA / プラスミド: PTHYA-WT / 遺伝子 (発現宿主): THYA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A884, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-CB3 / 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID / CB-3717


分子量: 477.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N5O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14.2 mg/mlprotein1drop
20.38 mMphosphoribose1drop
33.8 mMdithiothreitol1drop
41.0 mMCB37171drop
51.2 Mammonium sulfate1drop
620 mMpotassium phosphate1drop
72.4 Mammonium sulfate1reservoir
81.0 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月29日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 37807 / % possible obs: 77.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 8.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.854精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ONE MONOMER OF PDB ENTRY 1KCE

1kce


解像度: 1.9→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1995 9.9 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 20071 73.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2153 0 55 127 2335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.511.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.442
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.372
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.912.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 151 11.1 %
Rwork0.295 1206 -
obs--40.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
X-RAY DIFFRACTION3PARAMED.LIGTOPO_COV.DUMP
X-RAY DIFFRACTION4TOPO.CB3
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.854 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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