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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tq9 | ||||||
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タイトル | Non-covalent swapped dimer of Bovine Seminal Ribonuclease in complex with 2'-DEOXYCYTIDINE-2'-DEOXYADENOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE | ||||||
![]() | Ribonuclease, seminal | ||||||
![]() | HYDROLASE / Protein-dinucleotide complex / Cytotoxic action | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sica, F. / Di Fiore, A. / Merlino, A. / Mazzarella, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Stability of the Non-covalent Swapped Dimer of Bovine Seminal Ribonuclease: AN ENZYME TAILORED TO EVADE RIBONUCLEASE PROTEIN INHIBITOR 著者: Sica, F. / Di Fiore, A. / Merlino, A. / Mazzarella, L. #1: ![]() タイトル: Bovine seminal ribonuclease: structure at 1.9 A resolution 著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Dilorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A. #2: ![]() タイトル: Population shift vs induced fit: the case of bovine seminal ribonuclease swapping dimer 著者: Merlino, A. / Vitagliano, L. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #3: ![]() タイトル: Binding of a substrate analog to a domain swapping protein: X-ray structure of the complex of bovine seminal ribonuclease with uridylyl(2',5')adenosine 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Riccio, A. / Sica, F. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #4: ![]() タイトル: A potential allosteric subsite generated by domain swapping in bovine seminal ribonuclease 著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Sica, F. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #5: ![]() タイトル: The unswapped chain of bovine seminal ribonuclease: Crystal structure of the free and liganded monomeric derivative 著者: Sica, F. / Di Fiore, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #6: ![]() タイトル: Crystal structure of the dimeric unswapped form of bovine seminal ribonuclease 著者: Berisio, R. / Sica, F. / De Lorenzo, C. / Di Fiore, A. / Piccoli, R. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #7: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995 タイトル: Swapping structural determinants of ribonucleases: an energetic analysis of the hinge peptide 16-22 著者: Mazzarella, L. / Vitagliano, L. / Zagari, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1021.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1bsrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13746.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, isopropanol, sodium acetate, cacodilate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月12日 |
放射 | モノクロメーター: syncrothron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. all: 21846 / Num. obs: 21846 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 23.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 34 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 1059 / % possible all: 96.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1BSR 解像度: 2→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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