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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n1x | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the monomeric [S-carboxyamidomethyl-Cys31, S-carboxyamidomethyl-Cys32] Bovine seminal ribonuclease | ||||||
![]() | Ribonuclease, seminal | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / metabolic process / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sica, F. / Di Fiore, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The unswapped chain of bovine seminal ribonuclease: Crystal structure of the free and liganded monomeric derivative 著者: Sica, F. / Di Fiore, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #1: ![]() タイトル: Bovine seminal ribonuclease: structure at 1.9 A resolution 著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Di Lorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A. #2: ![]() タイトル: Swapping structural determinants of ribonucleases: an energetic analysis of the hinge peptide 16-22 著者: Mazzarella, L. / Vitagliano, L. / Zagari, A. #3: ![]() タイトル: Crystallization of multiple forms of bovine seminal ribonuclease in the liganded and unliganded state. 著者: Sica, F. / Adinolfi, S. / Berisio, R. / De Lorenzo, C. / Mazzarella, L. / Piccoli, R. / Vitagliano, L. / Zagari, A. #4: ![]() タイトル: Assignment and secondary-structure determination of monomeric bovine seminal ribonuclease employing computer-assisted evaluation of homonuclear three-dimensional 1H-NMR spectra 著者: D'Ursi, A. / Oschkinat, H. / Cieslar, C. / Picone, D. / D'Alessio, G. / Amodeo, P. / Temussi, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13746.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seminal fluid / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate, acetonitrile, glycerol (cryoprotectant), pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→18 Å / Num. all: 21157 / Num. obs: 21157 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 14.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 42 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.076 / Mean I/σ(I) obs: 17 / % possible all: 99.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 93751 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1BSR 解像度: 1.45→18 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.47 Å
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精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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