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- PDB-1tl7: Complex Of Gs- With The Catalytic Domains Of Mammalian Adenylyl C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tl7
タイトルComplex Of Gs- With The Catalytic Domains Of Mammalian Adenylyl Cyclase: Complex With 2'(3')-O-(N-methylanthraniloyl)-guanosine 5'-triphosphate and Mn
要素
  • (Adenylate cyclase, type ...) x 2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(s), alpha subunit
キーワードLYASE / adenylyl cyclase / Gsa / MANT-GTP
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase activating pathway / Hedgehog 'off' state / PKA activation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / cAMP biosynthetic process ...Adenylate cyclase activating pathway / Hedgehog 'off' state / PKA activation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / cAMP biosynthetic process / G alpha (z) signalling events / adenylate cyclase activity / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase binding / D1 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / ionotropic glutamate receptor binding / insulin-like growth factor receptor binding / cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase activator activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cilium / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / manganese ion binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular signal transduction / membrane raft / GTPase activity / dendrite / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylate cyclase / Adenylate cyclase, N-terminal / Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylyl cyclase N-terminal extracellular and transmembrane region / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. ...Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylate cyclase / Adenylate cyclase, N-terminal / Adenylate cyclase, conserved domain / Adenylyl cyclase N-terminal extracellular and transmembrane region / Nucleotide cyclase, GGDEF domain / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORSKOLIN / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / : / Chem-ONM / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase type 2 / Adenylate cyclase type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mou, T.C. / Gille, A. / Seifert, R.J. / Sprang, S.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for the inhibition of mammalian membrane adenylyl cyclase by 2 '(3')-O-(N-Methylanthraniloyl)-guanosine 5 '-triphosphate.
著者: Mou, T.C. / Gille, A. / Fancy, D.A. / Seifert, R. / Sprang, S.R.
履歴
登録2004年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase, type V
B: Adenylate cyclase, type II
C: Guanine nucleotide-binding protein G(s), alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,64510
ポリマ－94,8693
非ポリマー1,7767
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9020 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area30260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.230, 133.600, 70.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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Adenylate cyclase, type ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Adenylate cyclase, type V / ATP pyrophosphate-lyase / Ca2+ / -inhibitable adenylyl cyclase


分子量: 24495.361 Da / 分子数: 1 / 断片: C1A Domain Of Adenylyl Cyclase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / 遺伝子: Name=ADCY5; / プラスミド: PQE60-H6-VC1(580) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P30803, adenylate cyclase
#2: タンパク質 Adenylate cyclase, type II / ATP pyrophosphate-lyase / Adenylyl cyclase


分子量: 23717.033 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A Domain Of Adenylyl Cyclase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Name=Adcy2; / プラスミド: PQE60-ARGC-IIC2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26769, adenylate cyclase

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s), alpha subunit / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 46656.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: Name=GNAS; Synonyms=GNAS1; / プラスミド: PQE60-GSALPHA-H / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04896

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非ポリマー , 7種, 25分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-FOK / FORSKOLIN / ホルスコリン


分子量: 410.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H34O7
#6: 化合物 ChemComp-ONM / 3'-O-(N-METHYLANTHRANILOYL)-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-O-(N-メチルアントラニロイル)GTP


分子量: 656.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N6O15P3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 7.5-7.8% PEG 8000, 0.5M NACL, 0.1M PHOSPHATE BUFFER, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0393 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月23日
詳細: Active area: 210 x 210 mm2 Pixel sizes: 0.079 mm (unbinned mode) and 0.159 mm (2 x 2 binned mode) Unbinned images: 3072 pixels x 3072 pixels 2 x 2 Binned images: 1536 pixels x 1536 pixels
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 25538 / Num. obs: 22694 / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 7.34
反射 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Rsym value: 0.378 / % possible all: 66.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PBD entry 1AZS

1azs


解像度: 2.8→14.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 167322.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1104 4.9 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.254 22694 81.2 %-
all-22694 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.267686 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.58 Å20 Å20 Å2
2---22.61 Å20 Å2
3---38.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.49 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.92 Å0.99 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5645 0 107 18 5770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.242
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.743
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.233
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.934
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 133 5.3 %
Rwork0.443 2375 -
obs--54.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2FOK.PARAMFOK.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GSP.PARAMGSP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ONM.PARAMONM.TOP
X-RAY DIFFRACTION5WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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