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万見
- PDB-1thc: CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION AT 2.3A OF HUMAN TRANSTHYRETIN-3'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1thc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION AT 2.3A OF HUMAN TRANSTHYRETIN-3',5'-DIBROMO-2',4,4',6-TETRA-HYDROXYAURONE COMPLEX
要素TRANSTHYRETIN
キーワードTRANSPORT (THYROXINE / RETINOL) IN SERUM
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3',5'-DIBROMO-2',4,4',6'-TETRAHYDROXY AURONE / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ciszak, E. / Cody, V. / Luft, J.R.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Crystal structure determination at 2.3-A resolution of human transthyretin-3',5'-dibromo-2',4,4',6-tetrahydroxyaurone complex.
著者: Ciszak, E. / Cody, V. / Luft, J.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Mechanism of Molecular Recognition. Structural Aspects of 3,3'-Diiodo-L-Thyronine Binding to Human Serum Transthyretin
著者: Wojtczak, A. / Luft, J. / Cody, V.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1977
タイトル: Protein-DNA and Protein-Hormone Interactions in Prealbumin, a Model of the Thyroid Hormone Nuclear Receptor (Query)
著者: Blake, C.C.F. / Oatley, S.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Structure of Human Plasma Prealbumin at 2.5 Angstroms Resolution,A Preliminary Report on the Polypeptide Chain Conformation,Quaternary Structure and Thyroxine Binding
著者: Blake, C.C.F. / Geisow, M.J. / Swan, I.D.A. / Rerat, C. / Rerat, B.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1971
タイトル: An X-Ray Study of the Subunit Structure of Prealbumin
著者: Blake, C.C.F. / Swan, I.D.A. / Rerat, C. / Berthou, J. / Laurent, A. / Rerat, B.
履歴
登録1992年4月20日処理サイト: BNL
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE FIRST STRAND OF THE *EXTERNAL* SHEET IN EACH SUBUNIT IS DISCONTINUOUS. TO ACCOMMODATE ...SHEET THE FIRST STRAND OF THE *EXTERNAL* SHEET IN EACH SUBUNIT IS DISCONTINUOUS. TO ACCOMMODATE THESE DISCONTINUITIES EACH *EXTERNAL* SHEET IS REPRESENTED HERE TWICE, WITH A DIFFERENT STRAND 1 IN EACH CASE. STRANDS 2,3,4 OF *X1A* ARE IDENTICAL TO STRANDS 2,3,4 OF *X2A*. SIMILARLY STRANDS 2,3,4 OF *X1B* ARE IDENTICAL TO STRANDS 2,3,4 OF *X2B*. THIS DESCRIPTION IS CONSISTENT WITH THAT USED BY BLAKE AND COWORKERS FOR THE NATIVE TRANSTHYRETIN (PROTEIN DATA BANK ENTRY 2PAB).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3296
ポリマ－27,5532
非ポリマー1,7764
水1,71195
1
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子

A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,65812
ポリマ－55,1064
非ポリマー3,5528
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)43.402, 85.837, 65.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-130-

FL9

21A-131-

FL9

31A-131-

FL9

41A-131-

FL9

51A-131-

FL9

61B-130-

FL9

71B-130-

FL9

81B-131-

FL9

91B-131-

FL9

101B-131-

FL9

111B-131-

FL9

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要素

#1: タンパク質 TRANSTHYRETIN


分子量: 13776.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物
ChemComp-FL9 / 3',5'-DIBROMO-2',4,4',6'-TETRAHYDROXY AURONE


分子量: 444.028 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H8Br2O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE STRUCTURE CONTAINS THE 3',5'-DIBROMO-2',4,4',6-TETRAHYDROXY AURONE MOLECULES THAT BIND IN TWO ...THE STRUCTURE CONTAINS THE 3',5'-DIBROMO-2',4,4',6-TETRAHYDROXY AURONE MOLECULES THAT BIND IN TWO OVERLAPPING BINDING MODES IN EACH OF TWO INDEPENDENT BINDING SITES OF THE TETRAMER. SINCE THE BROMOAURONE BINDING IS ALONG 2-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC AXIS, OCCUPANCY OF 25% CORRESPONDS TO SATURATION OF EACH OF THE BINDING SITES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.9 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 %satammonium sulfate11
20.1 Msodium phosphate11

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データ収集

反射
*PLUS
Num. obs: 11830 / Num. measured all: 18899 / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.179 / 最高解像度: 2.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1791 0 68 95 1954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg3.9
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 8442 / σ(F): 2 / Rfactor all: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.063
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.016
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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