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- PDB-1tfw: How CCA is added to the 3' end of immature tRNA without the use o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tfw
タイトルHow CCA is added to the 3' end of immature tRNA without the use of an oligonucleotide template
要素
  • 5'-R(*CP*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
  • tRNA nucleotidyltransferase
キーワードTRANSFERASE/RNA / CCA-adding Complex / TRANSFERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / tRNA surveillance / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal ...CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / CCA-adding enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xiong, Y. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Mechanism of transfer RNA maturation by CCA-adding enzyme without using an oligonucleotide template.
著者: Xiong, Y. / Steitz, T.A.
履歴
登録2004年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
H: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
F: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
I: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
G: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
J: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
A: tRNA nucleotidyltransferase
B: tRNA nucleotidyltransferase
C: tRNA nucleotidyltransferase
D: tRNA nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,11714
ポリマ－230,05410
非ポリマー1,0634
水19,0781059
1
E: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
H: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
G: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
J: 5'-R(*CP*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
A: tRNA nucleotidyltransferase
B: tRNA nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6918
ポリマ－119,1596
非ポリマー5312
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'
I: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*C)-3'
C: tRNA nucleotidyltransferase
D: tRNA nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4276
ポリマ－110,8954
非ポリマー5312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.641, 84.770, 135.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12A
22C
32A
42C
13A
23B
33C
43D
14E
24F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETLYSLYS5BH1 - 1351 - 135
211METMETLYSLYS5DJ1 - 1351 - 135
112METMETTYRTYR2AG1 - 901 - 90
212METMETTYRTYR2CI1 - 901 - 90
322HISHISLYSLYS5AG101 - 135101 - 135
422HISHISLYSLYS5CI101 - 135101 - 135
113TRPTRPASPASP5AG136 - 437136 - 437
213TRPTRPASPASP5BH136 - 437136 - 437
313TRPTRPASPASP5CI136 - 437136 - 437
413TRPTRPASPASP5DJ136 - 437136 - 437
114GGCC5EA1 - 121 - 12
214GGCC5FC1 - 121 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 6分子 EHIGFJ

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'


分子量: 3826.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*CP*C)-3'


分子量: 4131.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'


分子量: 3825.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*CP*GP*GP*AP*UP*CP*CP*GP*CP*AP*C)-3'


分子量: 4131.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#5: タンパク質
tRNA nucleotidyltransferase / 2.7.7.25 / tRNA adenylyltransferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / CCA-adding enzyme


分子量: 51469.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: CCA, AF2156 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O28126, EC: 2.7.7.25

-
非ポリマー , 3種, 1063分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1059 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.7 Å / Num. obs: 122568 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.072

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1R89

1r89


解像度: 2.2→47.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 11.938 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24168 6447 5 %RANDOM
Rwork0.19207 ---
obs0.19454 122568 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.443 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å2-0.3 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14520 1598 64 1059 17241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02216697
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1652.09622820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.956333528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.46551744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.43122.784776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.543152780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.81315160
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.22454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.23237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.214494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.27693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.29024
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0320.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.070.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.120.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2120.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0970.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2722.511403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2922.53540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45414056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4559912
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.32988764
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
21A531tight positional0.030.05
11B795medium positional0.250.5
21A1137medium positional0.350.5
31A1781medium positional0.290.5
32B1781medium positional0.190.5
33C1781medium positional0.360.5
34D1781medium positional0.390.5
11B1378loose positional0.775
21A336loose positional0.65
31A3110loose positional0.65
32B3110loose positional0.595
33C3110loose positional0.715
34D3110loose positional0.765
41E322loose positional0.285
21A531tight thermal0.090.5
11B795medium thermal0.252
21A1137medium thermal0.482
31A1781medium thermal0.562
32B1781medium thermal0.582
33C1781medium thermal0.692
34D1781medium thermal0.622
11B1378loose thermal0.7110
21A336loose thermal0.9110
31A3110loose thermal1.5510
32B3110loose thermal1.610
33C3110loose thermal1.7310
34D3110loose thermal1.8410
41E322loose thermal1.8310
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.352 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 1125 -
Rwork0.246 21803 -
obs--97.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.5969-3.792-1.07733.5513-0.58114.38720.1841-0.68540.9710.0023-0.1097-0.5199-0.15880.343-0.0744-0.1479-0.04570.0799-0.07290.08050.012177.744532.616535.4538
21.9808-0.1528-0.56992.38211.03462.96760.1060.25810.1501-0.1784-0.22910.0134-0.0077-0.43620.1231-0.3102-0.0331-0.0207-0.12160.0211-0.235554.030233.495945.9387
31.5268-0.1312-0.96230.56030.25523.15540.0632-0.06970.15690.01160.0746-0.2299-0.33910.1507-0.1378-0.2184-0.0557-0.0627-0.22990.0149-0.072563.005753.351877.4628
47.18720.63532.62053.22770.381210.3753-0.1788-0.80340.08120.99910.4790.8453-0.2771-1.2438-0.30020.47170.38650.34380.49210.34640.183125.927439.5329131.3273
52.6131-0.36990.32463.678-1.95034.9382-0.1856-0.5374-0.00040.95440.2163-0.08-0.455-0.0516-0.03070.24610.1793-0.07280.12810.1112-0.254349.593837.3197123.6952
62.0524-0.3845-0.94750.92860.27023.0665-0.0674-0.1660.06210.26890.1405-0.0055-0.3854-0.225-0.0731-0.17130.0798-0.0248-0.16820.07-0.195141.339954.387190.8262
73.5768-3.8411-1.911710.48863.25683.4552-0.2565-0.31170.177-0.15770.4167-0.88710.02960.4126-0.1602-0.08070.0714-0.00090.13280.09280.028867.400524.166797.8409
83.4851-0.8419-1.01343.11030.57752.7692-0.2476-0.1953-0.63190.39450.08460.44640.3184-0.22240.163-0.2175-0.02730.0914-0.24210.11840.045669.04064.602581.1417
91.3355-0.2265-0.07551.11290.3031.44780.08270.01690.13910.0449-0.1075-0.22230.04480.20750.0248-0.283-0.00210.0068-0.3360.0623-0.101898.342718.596260.8408
100.31210.5024-1.66877.22280.662810.67140.02710.9176-0.5259-0.61460.1033-0.34641.2371-0.0684-0.13040.62030.3039-0.00270.5651-0.05480.304798.8265-2.1139-2.7093
112.3524-0.71230.95392.811-1.02716.19370.30730.86740.2747-0.6757-0.3329-0.25550.66110.63430.02550.12510.32780.17220.33790.3226-0.120496.059219.148310.0893
121.1760.0313-0.67542.1143-1.2933.4860.10020.3179-0.0214-0.7398-0.3123-0.17410.78840.43940.21210.05140.22610.0307-0.17060.0714-0.1252102.1581.017742.7292
134.20540.22523.2444.3356-3.34497.01870.11490.2741-0.6683-0.73120.42520.45851.4569-0.4038-0.54010.1624-0.0385-0.00420.15080.13580.04330.115734.105397.9671
143.58371.696-1.29738.4797-5.895815.32980.53190.1692-0.0475-0.35710.46340.98291.2071-1.519-0.99530.4309-0.0672-0.20590.11730.09340.109784.3061-5.026427.94
152.2497-2.03230.37418.8305-4.00292.0124-0.1493-0.17650.0916-0.0635-0.0912-0.48340.18420.30390.2405-0.235-0.021-0.0319-0.19370.0362-0.141675.586529.628668.2222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AG17 - 12417 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2AG125 - 258125 - 258
3X-RAY DIFFRACTION2AG1 - 161 - 16
4X-RAY DIFFRACTION3AG259 - 437259 - 437
5X-RAY DIFFRACTION4BH17 - 12417 - 124
6X-RAY DIFFRACTION5BH125 - 258125 - 258
7X-RAY DIFFRACTION5BH1 - 161 - 16
8X-RAY DIFFRACTION6BH259 - 437259 - 437
9X-RAY DIFFRACTION7CI17 - 12417 - 124
10X-RAY DIFFRACTION8CI125 - 258125 - 258
11X-RAY DIFFRACTION8CI1 - 161 - 16
12X-RAY DIFFRACTION9CI259 - 437259 - 437
13X-RAY DIFFRACTION10DJ17 - 12417 - 124
14X-RAY DIFFRACTION11DJ125 - 258125 - 258
15X-RAY DIFFRACTION11DJ1 - 161 - 16
16X-RAY DIFFRACTION12DJ259 - 437259 - 437
17X-RAY DIFFRACTION13EA1 - 121 - 12
18X-RAY DIFFRACTION13HB63 - 751 - 13
19X-RAY DIFFRACTION14FC1 - 121 - 12
20X-RAY DIFFRACTION14ID63 - 751 - 13
21X-RAY DIFFRACTION15GE2 - 141 - 13
22X-RAY DIFFRACTION15JF61 - 731 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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