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- PDB-1tet: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTICHOLERA TOXIN PEPTIDE COMPLEX AT 2.3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tet
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTICHOLERA TOXIN PEPTIDE COMPLEX AT 2.3 ANGSTROMS
要素
  • CHOLERA TOXIN PEPTIDE 3 (CTP3)
  • IGG1 TE33 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG1 TE33 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / Enterotoxin / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / : / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shoham, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of an anticholera toxin peptide complex at 2.3 A.
著者: Shoham, M.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1991
タイトル: Crystal Parameters and Molecular Replacement of an Anticholera Toxin Peptide Complex
著者: Shoham, M. / Proctor, P. / Hughes, D. / Baldwin, E.T.
履歴
登録1993年6月21日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG1 TE33 FAB (LIGHT CHAIN)
H: IGG1 TE33 FAB (HEAVY CHAIN)
P: CHOLERA TOXIN PEPTIDE 3 (CTP3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4964
ポリマ－48,3043
非ポリマー1921
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.150, 110.610, 40.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 8 / 2: CIS PROLINE - PRO L 95 / 3: CIS PROLINE - PRO L 141 / 4: CIS PROLINE - PRO H 147 / 5: CIS PROLINE - PRO H 149
6: SER H 186 - PRO H 187 OMEGA = 145.25 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
7: CIS PROLINE - PRO H 189

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要素

#1: 抗体 IGG1 TE33 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23872.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: PC4203
#2: 抗体 IGG1 TE33 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 22805.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 2072131
#3: タンパク質・ペプチド CHOLERA TOXIN PEPTIDE 3 (CTP3)


分子量: 1625.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P32890
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE NUMBERING OF TE33 RESIDUES IS ESSENTIALLY ACCORDING TO C.CHOTHIA AND A.M.LESK, J.MOL.BIOL. V. ...THE NUMBERING OF TE33 RESIDUES IS ESSENTIALLY ACCORDING TO C.CHOTHIA AND A.M.LESK, J.MOL.BIOL. V. 196, 901 (1987) WITH MODIFICATIONS INTRODUCED BY T.SCHERF, R.HILLER, F.NAIDER, M.LEVITT AND J.ANGLISTER, BIOCHEMISTRY V. 31, P. 6884 (1992).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID一般名Crystal-IDSol-ID
1PEG800011
2sodium citrate11

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→5 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.148 -
obs0.148 13714
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3377 0 13 151 3541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.58
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. reflection obs: 13714 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.148
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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