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- PDB-1tef: Crystal structure of the spinach plastocyanin mutants G8D/K30C/T6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tef
タイトルCrystal structure of the spinach plastocyanin mutants G8D/K30C/T69C and K30C/T69C- a study of the effect on crystal packing and thermostability from the introduction of a novel disulfide bond
要素Plastocyanin, chloroplast
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Plastocyanin / disulfide bond / mutant / blue copper protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Plastocyanin, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Okvist, M. / Jacobson, F. / Jansson, H. / Hansson, O. / Sjolin, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Novel Disulfide Bonds Effect the Thermostability of Plastocyanin. Crystal structures of the triple plastocyanin mutant G8D/K30C/T69C and the double plastocyanin mutant K30C/T69C from ...タイトル: Novel Disulfide Bonds Effect the Thermostability of Plastocyanin. Crystal structures of the triple plastocyanin mutant G8D/K30C/T69C and the double plastocyanin mutant K30C/T69C from spinach at 1.90 and 1.96 resolution, respectively.
著者: Okvist, M. / Jacobson, F. / Jansson, H. / Hansson, O. / Sjolin, L.
履歴
登録2004年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plastocyanin, chloroplast
B: Plastocyanin, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0725
ポリマ－20,9092
非ポリマー1633
水3,585199
1
A: Plastocyanin, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5543
ポリマ－10,4551
非ポリマー992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plastocyanin, chloroplast
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5182
ポリマ－10,4551
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.320, 52.320, 127.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-417-

HOH

21B-469-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Plastocyanin, chloroplast


分子量: 10454.595 Da / 分子数: 2 / 変異: G8D, K30C, T69C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
遺伝子: PETE / プラスミド: pUG101tr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308 / 参照: UniProt: P00289
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 21% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M Na-acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.991 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月13日
放射モノクロメーター: FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.991 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.18 Å / Num. all: 16181 / Num. obs: 16181 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 53.62
反射 シェル解像度: 1.9→2.1 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Mean I/σ(I) obs: 38.05 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AG6

1ag6


解像度: 1.9→19.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.539 / SU ML: 0.076 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20379 820 5.1 %RANDOM
Rwork0.15689 ---
obs0.15925 15359 98.05 %-
all-16181 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20.11 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.133 Å0.139 Å
Luzzati sigma a-0.109 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1466 0 3 199 1668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6241.9682032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79933028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1015196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.71115246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.21459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0630.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3410.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3280.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9611.5976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75121560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.863522
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7224.5472
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.904→1.953 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.198 57
Rwork0.146 1069

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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