PDB-1te7: Solution NMR Structure of Protein yqfB from Escherichia coli. Nor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1te7

タイトル

Solution NMR Structure of Protein yqfB from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics Consortium Target ET99

要素

Hypothetical UPF0267 protein yqfB

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ALPHA + BETA / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

N4-acetylcytidine amidohydrolase / N4-acetylcytidine amidohydrolase activity / pyrimidine nucleoside catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics with DYANA

データ登録者

Atreya, H.S. / Shen, Y. / Yee, A. / Arrowsmith, C. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2005
タイトル: G-Matrix Fourier Transform NOESY-Based Protocol for High-Quality Protein Structure Determination
著者: Shen, Y. / Atreya, H.S. / Liu, G. / Szyperski, T.

履歴

登録	2004年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月4日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2022年3月2日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1te7.cif.gz	643.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1te7.ent.gz	535 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1te7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/1te7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/1te7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a3p-d 6omw-9 4zrv-2 1krx-d 1doi-d 4wco-2 2cia-d 1d4w-1 4orl-d 1mdv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ET99

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical UPF0267 protein yqfB

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations,lowest energy

#1: タンパク質	Hypothetical UPF0267 protein yqfB 分子量: 11918.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YQFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67603

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	GFT (4,3)D HNNCABCA
1	2	1	GFT (4,3)D CABCA(CO)NHN
1	3	1	GFT (5,2)D HACACONHN
1	4	1	GFT (4,3)D (H)CCH COSY
1	5	1	3D 15N,13Caliphatic,13Caromatic-resolved [1H,1H]-NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM U-13C,15N YqfB,25 mM Na phosphate, 400 mM NaCl, 1 mM DTT, 20 mM ZnCl2, 0.01% NaN3, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 6.5 / Temperature units: K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
PROSA	6	Guentert	解析
XEASY	1	Bartels, C	データ解析
AutoAssign	1	Moseley, H.N.M.	データ解析
DYANA	5	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics with DYANA / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations,lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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