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万見
- PDB-1td5: Crystal Structure of the Ligand Binding Domain of E. coli IclR. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1td5
タイトルCrystal Structure of the Ligand Binding Domain of E. coli IclR.
要素Acetate operon repressor
キーワードTRANSCRIPTION / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / ALPHA/BETA DOMAIN / LIGAND BINDING DOMAIN / TRANSCRIPTION REGULATOR / PSI / Protein Structure Initiative / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


glyoxylate cycle / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / Bacterial transcriptional regulator / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily ...helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / Bacterial transcriptional regulator / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional repressor IclR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Walker, J.R. / Evdokimova, L. / Zhang, R.-G. / Bochkarev, A. / Joachimiak, A. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analyses of the Ligand Binding Sites of the IclR family of transcriptional regulators
著者: Walker, J.R. / Evdokimova, L. / Zhang, R.-G. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Savchenko, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Thermotoga maritima 0065, a member of the IclR transcriptional factor family
著者: Zhang, R.-G. / Youngchang, K. / Skarina, T. / Beasley, S. / Laskowski, R. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of the E. coli Glyoxylate Regulatory Protein Ligand Binding Domain
著者: Walker, J.R. / Skarina, T. / Kudrytska, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Savchenko, A.
履歴
登録2004年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF ...BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). GEL FILTRATION STUDIES SHOW THAT THE LIGAND BINDING DOMAIN OF ICLR IS A MONOMER IN SOLUTION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetate operon repressor
B: Acetate operon repressor
C: Acetate operon repressor
D: Acetate operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8674
ポリマ－90,8674
非ポリマー00
水6,035335
1
A: Acetate operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7171
ポリマ－22,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acetate operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7171
ポリマ－22,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Acetate operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7171
ポリマ－22,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Acetate operon repressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7171
ポリマ－22,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.098, 82.911, 157.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Acetate operon repressor / APC5050


分子量: 22716.697 Da / 分子数: 4 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ICLR, B4018 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16528
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES pH 7.5, Potassium acetate, PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934,0.9791,0.96110
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979341
20.97911
30.96111
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 31820 / Num. obs: 31820 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.96 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3100 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 187632.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 1076 1.9 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 31820 96.1 %-
all-31820 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.2132 Å2 / ksol: 0.332517 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.49 Å20 Å20 Å2
2--12.83 Å20 Å2
3----6.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5499 0 0 335 5834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.512.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 160 1.8 %
Rwork0.289 8793 -
obs-8953 88.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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