PDB-1td1: Crystal Structure of the Purine Nucleoside Phosphorylase from Sch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1td1

タイトル

Crystal Structure of the Purine Nucleoside Phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with acetate

要素

purine-nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Pereira, H.D. / Franco, G.R. / Cleasby, A. / Garratt, R.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structures for the Potential Drug Target Purine Nucleoside Phosphorylase from Schistosoma mansoni Causal Agent of Schistosomiasis.
著者: Pereira, H.D. / Franco, G.R. / Cleasby, A. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2004年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1td1.cif.gz	177.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1td1.ent.gz	141.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1td1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/1td1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/1td1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tcuC 1tcvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tcv-d 2a0y-1 3e9z-d 1pwy-1 3djf-d 2a0x-1 1fxu-2 1pbn-1 3k8q-1 3gb9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: purine-nucleoside phosphorylase

B: purine-nucleoside phosphorylase

C: purine-nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

93.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.231, 120.212, 131.933
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	purine-nucleoside phosphorylase 分子量: 31197.254 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: SmPNP / プラスミド: pMal C2g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9BMI9, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 1500, Glycerol, acetate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月27日 / 詳細: Si 111
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→54 Å / Num. all: 61501 / Num. obs: 58392 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.063
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.31 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SmPNP refined at 2.1 angstrons

解像度: 1.9→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.516 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.3 / σ(I): 2.3 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21011	3109	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1871	-	-	-
all	0.18875	61501	-	-
obs	0.1875	58392	93.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.692 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6342	0	12	580	6934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6459
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.051	1.969	8742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.738	3	14201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.365	5	834
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	7396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.078	0.2	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.147	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.196	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.501	1.5	4158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.935	2	6696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.142	3	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.007	4.5	2046

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.314	211
R_work	0.266	3825

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2672	0.0977	-0.146	0.3868	-0.1503	0.4856	0.0139	-0.0165	-0.0243	-0.0626	0.0377	0.0108	0.1096	0.0543	-0.0515	0.0703	0.0288	-0.023	0.0566	-0.0072	0.0672	23.9345	0.87	17.6116
2	0.3571	-0.1647	0.1514	0.4639	-0.1557	0.7383	-0.0018	-0.0599	-0.0012	0.1489	0.048	0.0375	-0.073	0.0325	-0.0463	0.0872	0.0242	0.0204	0.084	0.0142	0.036	19.0602	20.278	48.8486
3	0.2521	0.1279	0.2082	0.5864	0.1102	0.3808	-0.0269	0.0042	-0.024	-0.0558	0.0547	0.0245	-0.0791	0.042	-0.0278	0.0577	-0.0043	-0.0038	0.0608	-0.0108	0.0548	20.0943	37.8323	15.1691
4	-0.0112	0.0188	0.0627	0.4273	-0.0652	0.3423	-0.0063	-0.0218	-0.016	-0.0154	0.0371	0.0436	0.0046	0.0348	-0.0308	0.0033	0.0137	-0.001	0.0593	0.0101	0.0603	19.3964	20.0525	25.4282

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 285
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 285
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 285
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	701 - 906
5	X-RAY DIFFRACTION	4	C	703 - 923
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	702 - 854

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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