PDB-1t9x: Structural Basis of Multidrug Transport by the AcrB Multidrug Eff...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1t9x

タイトル

Structural Basis of Multidrug Transport by the AcrB Multidrug Efflux Pump

要素

Acriflavine resistance protein B

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / 12 transmembranes

機能・相同性

機能・相同性情報

xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Yu, E.W. / McDermott, G. / Nikaido, H.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2005
タイトル: A Periplasmic Drug-Binding Site of the AcrB Multidrug Efflux Pump: a Crystallographic and Site-Directed Mutagenesis Study
著者: Yu, E.W. / Aires, J.R. / McDermott, G. / Nikaido, H.

履歴

登録	2004年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2018年10月31日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id
改定 1.4	2021年10月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1t9x.cif.gz	205.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1t9x.ent.gz	162.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1t9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1t9x_validation.pdf.gz	510.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1t9x_full_validation.pdf.gz	550.5 KB	表示
XML形式データ	1t9x_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	1t9x_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/1t9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/1t9x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1t9tC 1t9uC 1t9vC 1t9wC 1t9yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oy6-1 1t9u-1 1t9t-1 3aob-d 3aod-d 1oye-1 1oy9-1 1t9v-1 2hqc-1 1oy8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Acriflavine resistance protein B

ヘテロ分子

114 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acriflavine resistance protein B

ヘテロ分子

A: Acriflavine resistance protein B

ヘテロ分子

A: Acriflavine resistance protein B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.967, 144.967, 519.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	Acriflavine resistance protein B 分子量: 113622.148 Da / 分子数: 1 / 変異: N109A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ACRB, ACRE, B0462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#2: 化合物	ChemComp-ET / ETHIDIUM / エチジウム分子量: 314.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀N₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.39 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 3.08→182.57 Å / Num. all: 894586 / Num. obs: 65233 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 4.4 / Observed criterion σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 3.08→3.28 Å / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.1	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.08→3.28 Å / R_factor R_free: 0.35893 / R_factor R_work: 0.2718 / R_factor all: 0.27604 / R_factor obs: 0.27392

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.08→3.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7699	0	48	0	7747

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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