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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t9v | ||||||
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タイトル | Structural Basis of Multidrug Transport by the AcrB Multidrug Efflux Pump | ||||||
要素 | Acriflavine resistance protein B | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / 12 transmembranes | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / periplasmic side of plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / xenobiotic transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, E.W. / McDermott, G. / Nikaido, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2005 タイトル: A Periplasmic Drug-Binding Site of the AcrB Multidrug Efflux Pump: a Crystallographic and Site-Directed Mutagenesis Study 著者: Yu, E.W. / Aires, J.R. / McDermott, G. / Nikaido, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1t9v.cif.gz | 206.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1t9v.ent.gz | 162.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1t9v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1t9v_validation.pdf.gz | 514.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1t9v_full_validation.pdf.gz | 558.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1t9v_validation.xml.gz | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1t9v_validation.cif.gz | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/1t9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/1t9v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 113622.148 Da / 分子数: 1 / 変異: N109A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ACRB, ACRE, B0462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224 |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.12 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→182.57 Å / Num. all: 374468 / Num. obs: 25859 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 2.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.8→3.94 Å / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→182.57 Å / Rfactor Rfree: 0.33149 / Rfactor Rwork: 0.27666 / Rfactor all: 0.27928 / Rfactor obs: 0.27797 / σ(F): 2.8 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→182.57 Å
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